Ustawa o PIT zawiera wyłącznie dwa artykuły (25 oraz 25a), które wprowadzają pojęcie podmiotów powiązanych oraz obowiązku dokumentacyjnego w sytuacji, gdy podmioty te dokonują między sobą transakcji powyżej określonej wartości. Uszczegółowienie zasad sporządzania dokumentacji oraz metod szacowania cen między podmiotami powiązanymi wprowadza komentowane poniżej rozporządzenie ministra finansów z 10 września 2009 r. w sprawie sposobu i trybu określania dochodów osób fizycznych w drodze oszacowania oraz sposobu i trybu eliminowania podwójnego opodatkowania osób fizycznych w przypadku korekty zysków podmiotów powiązanych. Obowiązuje też analogiczne rozporządzenie dotyczące osób prawnych.
Komentowane rozporządzenie jest relatywnie obszernym aktem prawnym w porównaniu do przepisów ustawowych. W praktyce jest podstawowym wyznacznikiem zasad i metod szacowania cen pomiędzy podmiotami powiązanymi. Stąd też jego znajomość jest niezbędna każdemu, kto zajmuje się sporządzaniem dokumentacji podatkowej w podmiotach powiązanych. Również organy podatkowe w ramach prowadzonych kontroli są zobowiązane stosować metody określone w tym rozporządzeniu, co oznacza istnienie wspólnego punktu odniesienia w przypadku ewentualnych sporów związanych z transferem dochodu pomiędzy podmiotami powiązanymi. Jest to o tyle istotne, że w praktyce rozbieżności związane z gromadzeniem danych, określeniem transakcji i podmiotów porównywalnych oraz szacowaniem ceny w takich podmiotach są merytorycznie badane wyłącznie na etapie postępowania podatkowego. Zaskarżanie negatywnych decyzji do sądów administracyjnych oznaczać będzie wyłącznie kontrolę ich zgodności z prawem (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 18 maja 2010 r., sygn. akt II FSK 29/09), co istotnie ogranicza możliwości obrony podatników przed decyzjami organów podatkowych.
Znaczenie prawidłowego ustalenia cen w transakcjach między podmiotami powiązanymi oraz związany z tym obowiązek sporządzania dokumentacji będzie w najbliższym czasie zyskiwał na znaczeniu. Po nowelizacjach ustaw o podatkach dochodowych, które weszły w życie w styczniu tego roku, a które rozszerzały m.in. obowiązek dokumentacyjny na hybrydowe spółki osobowe, kolejne zmiany z zakresu cen transferowych będą wchodziły w życie od stycznia 2016 r. Do najważniejszych należą zmiany limitów sprzedaży rocznej, przekroczenie których nakładać będzie obowiązek sporządzania dokumentacji, poszerzenie zakresu przedmiotowego dokumentacji w stosunku do podatników o obrotach rocznych przekraczających równowartość 20 mln euro oraz obowiązek przygotowania dodatkowego załącznika do rocznej deklaracji, który będzie dotyczył transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi.
Niezależnie od opisanych zmian komentowane rozporządzenie nadal będzie aktem prawnym, który określa praktyczne zasady szacowania dochodu między podmiotami powiązanymi i sporządzania dokumentacji cen transferowych.