- do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy (zwrot pośredni) lub
- do zwrotu różnicy na rachunek bankowy (zwrot bezpośredni).
- od kwoty podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów lub usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji,
- od kwoty podatku naliczonego związanego z nabyciem gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli zostały one zaliczone do środków trwałych nabywcy,
- od równowartości 22 proc. obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi niż stawka podstawowa (22 proc.),
- od obrotu z tytułu dostaw towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeśli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek podatku odliczonego z tymi czynnościami.
- z faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury,
- z dokumentów celnych oraz decyzji naczelnika urzędu celnego określających wysokość podatku (warunek, jaki musi być dodatkowo spełniony, dotyczy płatności),
- z wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług albo dostawy towarów, dla których podatnikiem jest ich nabywca, jeśli w deklaracji została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji.