Poniesione wydatki na przystosowanie wynajmowanej nieruchomości do potrzeb prowadzonej działalności gospodarczej uznawane są za inwestycje w obcym środku trwałym. Są one zaliczane do kosztów przez odpisy amortyzacyjne.
Wątpliwości pojawiają się, gdy umowa zakończy się przed całkowitym zamortyzowaniem takiej inwestycji. Pytanie brzmi, czy niezamortyzowana część nakładów może być zaliczona do kosztów podatkowych. W pewnych przypadkach możliwość taka istnieje.

Amortyzacji podlegają, niezależnie od przewidywanego okresu używania, przyjęte inwestycje w obcych środkach trwałych

Przepisy art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.), okreslają, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów strat powstałych w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te utraciły przydatność gospodarczą na skutek zmiany rodzaju działalności. Analogiczne regulacje przewiduje w art. 23 ust. 1 pkt 6 ustawy o PIT (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 361).
Z przepisu tego wynika, że podatnik może zaliczyć poniesione wydatki odpowiadające nieumorzonej wartości inwestycji w obcym środku trwałym do kosztów uzyskania przychodów pod trzema warunkami. Po pierwsze, gdy nastąpi likwidacja nie w pełni umorzonego środka trwałego (w tym także inwestycji w obcym środku trwałym) w rozumieniu przepisów ustawy o CIT, po drugie powstanie strata związana z taką likwidacją i po trzecie nastąpi utrata przydatności gospodarczej z przyczyn innych niż zmiana rodzaju działalności. Oczywiście wartość tej straty musi pozostawać w związku z prowadzoną przez podatnika działalnością.
Kłopot w tym, że możliwość taka istnieje tylko wtedy, gdy faktycznie możemy mówić o stracie w wyniku likwidacji. Inaczej mówiąc, niezamortyzowana część inwestycji w obcym środku trwałym będzie kosztem tylko wówczas, gdy przy rozwiązaniu umowy, nastąpi przywrócenie stanu sprzed inwestycji (swoiste zdemontowanie nakładów na cudzą rzecz).
Nie można mówić o likwidacji inwestycji w obcym środku trwałym (w rozumieniu ustawy o CIT) w przypadku pozostawienia wynajmującemu kompletnych i w pełni przydatnych do użytku nakładów (czy też ich rezultatu) zaliczanych do inwestycji w obcym środku trwałym. W konsekwencji niezamortyzowana część inwestycji w obcym środku trwałym może zostać zaliczona w ciężar kosztów uzyskania przychodów (jako poniesiona strata), jeżeli nastąpi jej faktyczna likwidacja.
W przypadku wcześniejszego rozwiązania umowy łączącej strony i przywrócenia środka trwałego do stanu pierwotnego nakłady inwestycyjne dokonane w obcym środku trwałym ulegną bowiem faktycznej likwidacji (likwidacja taka nie może jednak następować w związku z utratą przydatności gospodarczej inwestycji w obcym środku trwałym na skutek zmiany rodzaju działalności).
W rezultacie samo rozwiązanie umowy najmu nie spowoduje bowiem likwidacji rozumianej jako zużycie, zniszczenie, demontaż. Powoduje, natomiast skutek w postaci braku związku pomiędzy poniesionymi przez spółkę wydatkami inwestycyjnymi a jej przychodami.