Jeśli bank w ramach faktoringu świadczy na rzecz klienta również inne usługi, w tym zwolnione, i jeśli może je wyodrębnić od faktoringu, to nie ma powodu, by rozliczać e operacje w VAT jako usługę złożoną.
Sprawa, którą zajął się sąd, dotyczyła interpretacji podatkowej. Bank przedstawił, że świadcząc usługi faktoringowe, pobiera prowizje, stanowiące procent nominalnej wartości nabytej wierzytelności. Oprócz tego bank pobiera także opłaty zgodne z tabelą opłat, w szczególności za ustalenie limitu na dostawcę, odbiorcę, ubezpieczenie należności. W sytuacji gdy bank finansuje nabywane wierzytelności, uzyskuje również wynagrodzenie w postaci odsetek za udostępnienie kontrahentowi środków pieniężnych.

Faktoring wykracza poza zakres usług udzielania kredytów i nie jest zwolniony z VAT, ale opodatkowany 23-proc. stawką

Jednak zgodnie z przepisami usługi faktoringowe stanowią wyjątek od zwolnienia z VAT usług pośrednictwa finansowego i są opodatkowane podstawową stawką. Wynagrodzenie w pozostałym zakresie (z tytułu odsetek) jest zwolnione jako wynagrodzenie z czynności podobnej do kredytu.
Minister finansów stwierdził, że świadczona przez bank usługa ma charakter kompleksowy. Według organu usługi te są ze sobą nierozerwalnie związane. Tym samym podatek naliczony przy nabyciu przez bank towarów i usług mających służyć wykonywaniu tej złożonej usługi faktoringu związany jest z obydwoma rodzajami usług. Minister stwierdził, że w takiej sytuacji bank nie jest w stanie wyodrębnić kwoty podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów i usług, które są wykorzystywane wyłącznie do czynności opodatkowanych, i nie jest możliwe odliczenie podatku naliczonego zgodnie z procedurą wskazaną przez bank. Odliczenia można dokonać tylko, stosując tzw. metodę proporcji.
Naczelny Sąd Administracyjny nie zgodził się ze stanowiskiem fiskusa. Sędzia Sylwester Marciniak podkreślił, że minister finansów błędnie przyjął, iż bank nie może wyodrębnić tych dwóch rodzajów usług. Bank wskazał, że jest to możliwe. A zatem nie można uznać, że są to świadczenie kompleksowe.