Zastrzeżenia dotyczą w szczególności uprawnień emerytalnych. Resort poinformował, że proces modernizacji Służby Celnej prowadzony jest od kilku lat. W ustawie o Służbie Celnej z 2009 roku znalazło się wiele regulacji wzorowanych na pragmatyce służbowej Straży Granicznej. Są to m.in. środki na zagospodarowanie, równoważnik pieniężny w przypadku trudności po przeniesieniu, świadczenie dla funkcjonariusza przywróconego do pracy, przyjęcie korzystniejszych zasad uzyskania prawa do dodatkowego urlopu wypoczynkowego czy rozszerzenie katalogu wyróżnień.
Jednak nie wszystkie postulaty zgłaszane przez działające w Służbie Celnej związki zawodowe oraz niezrzeszonych funkcjonariuszy celnych w zakresie przybliżenia przepisów ustawy o Służbie Celnej do regulacji zawartych w ustawach innych służb mundurowych, w tym dotyczące uprawnień emerytalnych, mogły być zrealizowane. Różnice w zakresie emerytur wynikają z podporządkowania wymienionych formacji różnym systemom emerytalnym. I tak funkcjonariusze celni nabywają uprawnienia emerytalne na zasadach ogólnych określonych w ustawie o emeryturach i rentach z FUS. Pozostałe służby mundurowe, w tym Straż Graniczna, objęte są zaopatrzeniowym systemem emerytalnym funkcjonariuszy służb mundurowych.

Przyznanie funkcjonariuszom celnym korzystniejszych zasad nabywania uprawnień emerytalnych będzie wymagało podjęcia stosownej inicjatywy ustawodawczej

Rozdźwięk w zakresie uprawnień emerytalnych Służby Celnej i innych służb mundurowych, przy podobnie zakreślonych obowiązkach, zasadach odpowiedzialności służbowej oraz służby w takich samych warunkach obciążeń fizycznych i psychicznych, stanowił przedmiot wielu działań podjętych przez szefa Służby Celnej w latach 2009 – 2011.
Wprowadzenie zmian polegających na przyznaniu funkcjonariuszom celnym korzystniejszych zasad nabywania uprawnień emerytalnych będzie wymagało podjęcia stosownej inicjatywy ustawodawczej. Zmiana systemu emerytalnego funkcjonariuszy celnych wpisuje się w kompleksową reorganizację systemu emerytur mundurowych, mającą na celu wyrównanie uprawnień poszczególnych służb.