Niektóre urzędy skarbowe odmawiały podatnikom przyjęcia płyt z e-fakturami, w celu udokumentowania poniesienia wydatków na internet, z obawy przed wirusami. „DGP” informował o tym w wydaniu z 15 kwietnia (nr 73/2010). Problem został poruszony w interpelacji poselskiej (nr 15784). Ministerstwo Finansów wyjaśniło, że faktura w formie elektronicznej spełniająca wymogi rozporządzenia ministra finansów z 14 lipca 2005 r. powinna być udostępniana organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej drogą elektroniczną. Pozwala to zweryfikować autentyczność pochodzenia faktury i integralność jej treści. Faktura elektroniczna spełniająca warunki określone w przepisach jest traktowana na równi z papierową.

W obecnym stanie prawnym nie można zaakceptować innej formy dokumentowania wydatków na użytkowanie internetu niż tylko fakturą VAT określoną w przepisach o podatku od towarów i usług.