W kluczowym wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości dotyczącym zwrotu nadwyżki VAT w sprawie C-78/00 Trybunał stwierdził, że zwrot powinien być dokonywany w rozsądnym czasie poprzez wypłatę w środkach płynnych lub ich odpowiednikach.

Polskie przepisy w tym względzie dalekie są od ideału neutralności VAT. Standardowy termin zwrotu, czyli 180 dni, trudno zdecydowanie uznać za termin racjonalny. Nie jest to termin, który stanowi kompromis między prawem podatnika do szybkiego zwrotu a zabezpieczeniem interesu Skarbu Państwa.

Ustawa o VAT zawiera też przepisy umożliwiające tzw. przyspieszony zwrot podatku (czyli w terminie 25 lub 60 dni). Zwrot taki obwarowany jest jednak warunkami, które stanowią doskonały przykład naruszenia przez przepisy krajowe zasady proporcjonalności (jednej z podstawowych zasad prawa wspólnotowego). Chodzi m.in. o literalną wykładnię tego przepisu, która wskazuje, że warunkiem dokonania zwrotu w przyśpieszonym terminie jest zapłata w pełnych kwotach wszystkich faktur, z których podatek naliczony uwzględniony w danej deklaracji VAT podlega odliczeniu.

W praktyce zdarza się, że podatnicy omyłkowo nie dokonują zapłaty z pojedynczej faktury, urząd dokonuje przyśpieszonego zwrotu, a następnie identyfikuje taki przypadek braku zapłaty kwot wynikających z faktury. Mimo pewnych kontrowersji, należy uznać, że sytuacja taka nie będzie skutkować żadnymi negatywnymi konsekwencjami dla podatnika. Terminy zwrotu określone w art. 87 ustawy o VAT mają charakter terminów maksymalnych (chyba że zostaną one przez naczelnika urzędu skarbowego przedłużone). Przedwczesny zwrot ewidentnie nie jest zaległością w rozumieniu art. 51 Ordynacji podatkowej. Zwrot we wcześniejszym terminie należałoby wręcz uznać za pozytywne zjawisko z punktu widzenia modelu funkcjonowania systemu VAT. Oczywiście należy pamiętać, że takie działanie podatnika nie może mieć charakteru celowego - składanie fałszywych informacji w deklaracji może mieć negatywne konsekwencje wynikające z przepisów kodeksu karnego.