Zdaniem organów, okoliczność uiszczenia przez spółkę podatku akcyzowego w wysokości wyższej niż należna nie stanowiła nadpłaty w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 O.p. Organy podnosiły, że w świetle uchwały pełnej Izby Gospodarczej sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 22 czerwca 2011 r., I GPS 1/11 (dalej uchwała I GPS 1/11) dla stwierdzenia nadpłaty w podatku akcyzowym, konieczne było spełnienie dodatkowego warunku w postaci zubożenia podatnika. Zdaniem organów, teza uchwały miała zastosowanie w analizowanej sprawie, a wynikająca z niej przesłanka zubożenia spółki nie została spełniona.
Zdaniem Rzecznika, moc wiążąca uchwały I GPS 1/11 powinna odnosić się tylko do nadpłaty w podatku akcyzowym od energii elektrycznej. Uchwała ta zapadła w trybie tzw. uchwały konkretnej tj. w celu wyjaśnienia istotnego zagadnienia prawnego jakim był zwrot nadpłaty akcyzy od energii elektrycznej i powinna być stosowana tylko w tym zakresie. W szczególności nie powinna być rozszerzana na inne wyroby akcyzowe. Rzecznik podkreślił, że Izba Finansowa NSA konsekwentnie odmawiała stosowania przedmiotowej uchwały do nadpłat na gruncie podatku od towarów i usług.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyniku rozpoznania skargi spółki uchylił zaskarżoną decyzję. W ustnych motywach wyroku Sąd podniósł między innymi, że teza uchwały I GPS 1/11 nie ma zastosowania w stanie faktycznym, w którym wniosek o stwierdzenie nadpłaty dotyczy podatku akcyzowego od piwa. Podkreślił, że uchwała ta powinna być stosowana ściśle, zgodnie z jej tezą, a jej zakres nie powinien być rozszerzany na wyroby nie będące energią elektryczną. Podkreślił, że konstrukcja opodatkowania energii elektrycznej akcyzą jest inna niż opodatkowania piwa przedmiotowym podatkiem. Zdaniem sądu w stanie faktycznym sprawy akcyza się fiskusowi nie należała, a to co nie jest pobrane należnie stanowi nadpłatę podlegająca zwrotowi. WSA połączył do wspólnego rozpoznania 10 spraw, dotyczących tego samego przedsiębiorcy, w których wydał analogiczne wyroki (wyrok WSA w Warszawie z dnia 16 lipca 2020 r., V SA/Wa 2271/19).
– Kolejne wyroki sądów administracyjnych w sprawie nadpłaty akcyzy wytaczają nową proprzedsiębiorczą linię orzeczniczą. Co istotne orzeczenia te uwzględniają między innymi specyfikę prowadzenia działalności gospodarczej przez poszczególnych przedsiębiorców. To niezwykłe istotne, ponieważ ten element jest często pomijany przez organy podatkowe w wydawanych decyzjach – komentuje Jacek Cieplak, Zastępca Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców.