W ramach procedury restrukturyzacji działalności podatnicy decydują się na przeniesienie przedsiębiorstwa, tj. całości składników związanych z prowadzoną działalnością gospodarczą. Jak rozliczyć takie przeniesienie?
Taka formuła niesie ze sobą pewne korzyści podatkowe, np. w postaci odroczenia podatku dochodowego lub też wyłączenia transakcji z opodatkowania VAT. Jest zatem istotne, aby upewnić się, że to, co stanowi przedmiot obrotu, spełnia kryteria do uznania za przedsiębiorstwo. Na tym tle między podatnikami a organami podatkowymi występują rozbieżności. Ustawy podatkowe w zakresie definicji przedsiębiorstwa odsyłają do kodeksu cywilnego. Z kolei art. 551 k.c. stanowi, że przedsiębiorstwo jest zorganizowanym zespołem składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do prowadzenia działalności. Natomiast art. 552 k.c. ustala zasadę, że czynność prawna mająca za przedmiot przedsiębiorstwo obejmuje wszystko, co wchodzi w skład przedsiębiorstwa, chyba że co innego wynika z treści czynności cywilnoprawnej lub przepisów.
Powstaje pytanie, czy zbycie zorganizowanych składników majątkowych, z których na mocy umowy pomiędzy stronami zostały wyłączone wszystkie zobowiązania, do celów podatkowych może być uznane za zbycie przedsiębiorstwa. Dyrektor IS w Warszawie, dokonując wykładni ustawy o VAT i o CIT (interpretacje nr IPPP3/443-1201/09-4/Mpe, IPPB5/ 423-811/09-4/MB) uznał, że skoro w skład przedsiębiorstwa nie wchodzą zobowiązania, to nabycie wyłącznie innych składników nie jest przejęciem ani przedsiębiorstwa, ani jego zorganizowanej części. WSA w Warszawie przyznał rację podatnikowi. Sąd uznał, że za błędne utożsamianie przedsiębiorstwa z całością majątku danego podmiotu. Pojęcie przedsiębiorstwo obejmuje każdy zespół składników materialnych i niematerialnych służących do realizacji określonych zadań gospodarczych, bez względu na to, czy obejmuje on całość, czy jedynie część majątku podmiotu. Wyłączenie zobowiązań z całości powiązanych funkcjonalnie i organizacyjne składników nie pozbawia możliwości uznania ich za przedsiębiorstwo.