Od kilku lat pomiędzy podatnikami i urzędami skarbowymi trwał spór w zakresie zasad opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych przekształcenia spółki kapitałowej w spółkę komandytową. Ostatnio sądy rozstrzygają przedmiotowe zagadnienie na korzyść podatników.
W przypadku umowy spółki kapitałowej za zmianę umowy, która podlega opodatkowaniu, uważa się podwyższenie kapitału zakładowego z wkładów lub ze środków spółki oraz dopłaty (art. 1 ust. 3 pkt 2 ustawy z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych, t.j. Dz.U. z 2015 r. poz. 626 ze zm.; dalej ustawa o PCC).
Za zmianę umowy spółki uważa się również przekształcenie lub łączenie spółek, jeżeli ich wynikiem jest zwiększenie majątku spółki osobowej lub podwyższenie kapitału zakładowego (art. 1 ust. 3 pkt 3 ustawy o PCC).
Zgodnie z prezentowanym przez organy skarbowe poglądem, porównując majątki spółek przekształcanej i przekształconej, należy brać pod uwagę w przypadku spółki osobowej – jej majątek rozumiany jako wartość wszystkich wkładów wniesionych do tej spółki. Innymi słowy, w przypadku przekształcenia należy wziąć pod uwagę okoliczność, czy wartość wkładów wniesionych do spółki przekształconej odpowiada wartości wkładów wniesionych, a tym samym opodatkowanych do spółki przekształcanej. Takie rozumowanie prowadziło do opodatkowania przekształcenia.
W myśl jednakże najnowszego orzecznictwa NSA polską spółkę komandytową należy traktować na gruncie Dyrektywy Rady 2008/7/WE z 12 lutego 2008 r. dotycząca podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz.Urz. UE L 46 z dnia 21 lutego 2008 r.) jako spółkę kapitałową. Takie stanowisko zajął NSA w wyrokach z 13 października 2015 r. sygn. akt II FSK 2069/14, z 12 sierpnia 2015 r., sygn. akt II FSK 1647/13 i II FSK 1646/13, z 30 czerwca 2015 r., sygn. akt II FSK 1645/13, z 25 lutego 2015 r., sygn. akt II FSK 126/13, z grudnia 2014 r., sygn. akt II FSK 2797/12.
Zgodnie z art. 2 ust. 1 lit. a dyrektywy w zw. z pkt 21 załącznika I przez spółkę kapitałową ustanowioną zgodnie z prawem polskim należy rozumieć spółkę akcyjną i spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością. Jednakże zakres podmiotowy obowiązywania dyrektywy został rozszerzony unormowaniami zawartymi w art. 2 omawianej regulacji. Stosownie do postanowień art. 2 ust. 1 lit. b dyrektywy przez spółkę kapitałową należy też rozumieć każdą spółkę, przedsiębiorstwo, stowarzyszenie lub osobę prawną, których udziały w kapitale lub majątku mogą być przedmiotem transakcji na giełdzie. Europejski prawodawca dla celów nakładania podatku kapitałowego za spółki kapitałowe uznał także wszelkie inne spółki, przedsiębiorstwa, stowarzyszenia lub osoby prawne prowadzące działalność skierowaną na zysk. Powyższa analiza prowadzi do konkluzji, że zakres definicji „spółki kapitałowej” jest – dla celów nakładania podatku kapitałowego – szerszy niż wynikający z rozróżnienia dokonanego w art. 1a pkt 1 i 2 ustawy o PCC i obejmuje również spółkę komandytową.
Państwa członkowskie nie nakładają na spółki kapitałowe podatku pośredniego w żadnej formie w odniesieniu do zmiany aktu założycielskiego lub statutu spółki kapitałowej, w szczególności przekształcenia spółki kapitałowej w inny rodzaj spółki kapitałowej (art. 5 ust. 1 lit. d dyrektywy kapitałowej). Mając zatem na uwadze, że polską spółkę komandytową należy traktować na gruncie wspomnianej dyrektywy jako spółkę kapitałową, omawiane przekształcenie nie prowadzi do powstania obowiązku do zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych.