Nadpłata w VAT będzie zaliczana na poczet zaległości podatkowej na dzień zapłaty zawyżonego podatku.
Nowelizacja Ordynacji podatkowej oraz niektórych innych ustaw, którą rozpatrzył Sejm po poprawkach Senatu, wprowadza m.in. zmianę momentu powstawania nadpłaty w VAT. Moment ten ma znaczenie przy naliczaniu odsetek od nadpłaty, czy też zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych. Dziś w przypadku VAT dniem powstania nadpłaty jest zawsze dzień złożenia korekty deklaracji. Takie uregulowanie powoduje, że niemożliwe jest zaliczenie nadpłaty w VAT na poczet zaległości podatkowej na dzień zapłaty zawyżonego podatku, ale dopiero na dzień złożenia korekty deklaracji. W praktyce podatnicy, którzy zadeklarowali VAT należny w złym okresie rozliczeniowym, np. za wcześnie, są zobowiązani do zapłaty odsetek za zwłokę od zaległości za kolejny okres, naliczanych aż do momentu złożenia korekty deklaracji za miesiąc powstania nadpłaty. Nowelizacja usuwa przepis szczególny w zakresie momentu powstania nadpłaty w VAT, co oznacza, że będzie ona powstawała na zasadach ogólnych - z dniem dokonania zapłaty podatku nienależnego lub w wysokości wyższej od należnej.
Sejm przyjął część poprawek senackich precyzujących uchwalone przepisy. Uproszczeniu ulegnie przepis regulujący instytucję wygaśnięcia prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Dziś prawo to wygasa po upływie pięciu lat, licząc od wystąpienia zdarzeń ściśle określonych w Ordynacji podatkowej. Zgodnie z nowym brzmieniem art. 79 par. 2 i 3 prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, z wyjątkiem przypadków, gdy ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku.
Przypomnijmy, że nowelizacja Ordynacji podatkowej wprowadza zasadnicze zmiany także w zakresie wykonalności decyzji podatkowych. Decyzje nieostateczne nie będą podlegały wykonaniu z wyjątkiem tych, którym zostanie nadany rygor natychmiastowej wykonalności. Ustawa zakłada również obowiązek zawiadamiania podatników o planowanej kontroli z siedmiodniowym wyprzedzeniem.
Nowe przepisy mają wejść w życie 1 stycznia 2009 r. Nowelizacja trafi teraz do prezydenta.