Dyrektor poznańskiej izby skarbowej nie zgodził się, by samorząd korygował deklaracje VAT podlegających mu jednostek budżetowych.
We wniosku o interpretację gmina zapytała o konsekwencje czerwcowej uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego (sygn. akt I FSK 1/13). Skład siedmiu sędziów stwierdził wtedy, że jednostki budżetowe (np. szkoły, domy kultury) nie są odrębnymi od gmin podatnikami VAT. Zdaniem dyrektora poznańskiej izby nie wpłynie to jednak na wcześniejsze rozliczenia podatku od towarów i usług.
Gmina zapytała, czy po uchwale NSA powinna dokonać korekt swoich deklaracji VAT i rozliczyć wszystkie transakcje swoich jednostek budżetowych. Chciała wiedzieć, czy w takiej sytuacji powinna występować o nadpłatę, jeśli jednostki płaciły podatek, a gmina nie była do tego zobowiązana, i czy musi uznawać otrzymane przez nie zwroty VAT za nienależne (a w związku z tym regulować odsetki od zaległości podatkowej).
Sama gmina uważała, że będzie musiała rozliczyć transakcje swoich jednostek budżetowych, ma prawo do ewentualnej nadpłaty, ale nienależny zwrot nie będzie zaległością podatkową. Argumentowała, że w demokratycznym państwie prawa nie do przyjęcia jest sytuacja, gdy błędy ustawodawcy są źródłem korzyści ekonomicznych państwa.
Izba skarbowa nie zgodziła się z taką interpretacją. Jej zdaniem z art. 15 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) wynika, że jednostki budżetowe gminy powinny być traktowane jako odrębni podatnicy VAT, gdyż prowadzą działalność gospodarczą na własny rachunek. Zatem zarówno gmina, jak i one muszą składać w stosunku do każdego okresu rozliczeniowego odrębne deklaracje VAT.
Zdaniem izby wspomniana uchwała NSA niczego nie zmienia w tym zakresie. Organ podatkowy podkreślił, że sąd nie odniósł się do tego, w jaki sposób zmienić podejście do dotychczasowej praktyki, czyli traktowania gmin i ich jednostek jako odrębnych podatników VAT, i jak podmioty te mają postępować w kwestii wzajemnych relacji i rozliczeń za minione okresy.
Interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 12 listopada 2013 r., nr ILPP1/443-731/13-2/JSK
Ministerstwo Finansów do uchwały NSA odniosło się 9 lipca 2013 r. Podkreśliło, że jego intencją jest, aby obciążenie gmin związane z zastosowaniem się do stanowiska sądu było jak najmniejsze. W związku z tym fiskus nie będzie kwestionować dotychczasowych rozliczeń gminnych jednostek budżetowych jako podatników VAT. MF zapowiedziało, że przygotuje koncepcję, w której odniesie się do kwestii dalszego rozliczania podatku od towarów i usług w związku z transakcjami dokonywanymi przez jednostki budżetowe gmin. Nie powstała ona jednak do dziś. Problemem zajmie się Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej, do którego 10 grudnia 2013 r. NSA skierował pytanie prawne w tej sprawie (sygn. I FSK 311/12). Sędziowie uznali, że konieczne jest rozpatrzenie przepisów unijnych, skoro czerwcowa uchwała się do nich nie odniosła. W ten sposób Ministerstwo Finansów zyskało dodatkowy czas na przygotowanie się do opracowania planów zmiany rozliczeń w samorządach, w razie TSUE potwierdził wcześniejszą wykładnię NSA.