Organy podatkowe nie mogą kwestionować prawa do odliczenia VAT z tego powodu, że wystawcy faktury zostało cofnięte pozwolenie na działalność gospodarczą.

Trybunał Sprawiedliwości UE w jednym z ostatnich wyroków z 6 września 2012 r. (sprawa C-324/11 Tóth) rozstrzygnął o możliwości odliczania podatku z faktur wystawianych przez podmiot, który nie spełnił warunków formalnych podatnika VAT. Tezy tego orzeczenia mogą mieć duże znaczenie także dla polskich przedsiębiorców.
Sprawa dotyczyła sporu między węgierskimi służbami podatkowymi a lokalnym przedsiębiorcą budowlanym G. Tóth. Jednemu z jego podwykonawców administracja węgierska cofnęła pozwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej. W konsekwencji kontrola podatkowa przeprowadzona w przedsiębiorstwie G. Tóth zakwestionowała odliczenie podatku naliczonego z faktur wystawionych przez tego podwykonawcę. Węgierskie organy podatkowe zarzuciły, że nie sprawdził on ani statusu swojego podwykonawcy jako podatnika, ani tego, że osoby wykonujące prace były rzeczywiście zatrudnione przez tego podwykonawcę. Sprawa trafiła do sądu, a ten zadał pytanie prejudycjalne Trybunałowi Sprawiedliwości UE.
Trybunał uznał, że status podatnika VAT nie może zależeć od jakiegokolwiek zezwolenia lub pozwolenia wydanego przez organ administracji. Naturalnie przepisy o VAT wymagają m.in. złożenia zgłoszenia rejestracyjnego, lecz wymogi te nie są konieczne do uznania, że dany podmiot działa jak podatnik VAT. Trybunał podkreślił, że prawo do odliczenia podatku jest elementem konstrukcyjnym systemu VAT. Ulega ono ograniczeniu jedynie w drodze wyjątku. Jeżeli więc została wystawiona faktura, która zawiera wszystkie wymagane informacje, w szczególności dotyczące tożsamości dostawcy oraz rodzaju usług, niespełnienie przez dostawcę przesłanek formalnych nie powinno ograniczać prawa do odliczenia przez nabywcę.
Wojciech Kotowski, doradca podatkowy w Kancelarii Ożóg i Wspólnicy, podkreśla, że Trybunał Sprawiedliwości UE wskazał również, że podatnik ma prawo do odliczenia naliczonego VAT w sytuacji, w której spełnione są przesłanki formalne i materialne, a jednocześnie podatnik nie mógł podejrzewać, że wystawca faktur dopuszcza się nieprawidłowości lub przestępstwa. Ponadto zwrócił uwagę, że podważenie prawa do odliczenia może nastąpić, jeżeli organ podatkowy wykaże, że nabywca usług wiedział lub powinien był wiedzieć, że dana transakcja stanowi oszustwo.
Tak uznał również Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku z 21 czerwca 2012 r. w sprawach połączonych Mahagében kft i Péter Dávid (C-80/11, C-142/11).
Zgodnie z polską ustawą o VAT nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego faktury i dokumenty celne w przypadku, gdy sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi wystawionymi przez podmiot nieistniejący