Wystawca faktury, który wykazał na niej kwotę VAT mimo braku takiego obowiązku, np. ze względu na zwolnienie przedmiotowe fakturowanej czynności, ma obowiązek zapłaty nienależnie naliczonego podatku. Czy do tej faktury mają zastosowanie przepisy o korekcie?
Konieczność zapłaty w takiej sytuacji nienależnie naliczonego podatku wynika z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Przepis ten ma niewątpliwie charakter sankcyjny. Nie oznacza to jednak, że tak wystawiona faktura przestaje być fakturą. Ponieważ jest nią nadal, to mają w stosunku do niej zastosowanie odpowiednie przepisy dotyczące wystawiania faktur korygujących. Potwierdza to także całkiem bogate w tej mierze orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Tak np. w orzeczeniu w sprawie C-454/98 (Schmeink & Cofreth and Strobel) Trybunał stwierdził, że jeżeli podmiot wystawiający fakturę we właściwym czasie całkowicie usunął możliwość jakiegokolwiek uszczuplenia należności podatkowych, może on wyeliminować tę fakturę z obrotu prawnego. Trybunał zaznaczył, że jest to możliwe nawet wówczas, jeżeli wystawca faktury działał w złej wierze.
Jeżeli zatem na skutek wystawienia faktury z nienależnie wykazaną kwotą podatku Skarb Państwa nie poniósł żadnej straty, wówczas podmiot wystawiający taką fakturę może ją wyeliminować z obrotu prawnego. Trybunał nie odnosi się przy tym do technicznej formy eliminacji takiej faktury, pozostawiając to regulacjom wewnętrznym państw członkowskich. Polskie regulacje przewidują, że właściwa w takim przypadku jest faktura korygująca. W konsekwencji nie powinno ulegać wątpliwości, że ta forma skorygowania faktury, a w konsekwencji pierwotnego rozliczenia, powinna mieć zastosowanie w przypadku, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
Tym samym, zarówno na gruncie polskich regulacji o VAT, jak i biorąc pod uwagę przepisy Dyrektywy 2006/112 oraz orzecznictwo TS UE, podatnik, który wystawił fakturę z błędnie wykazaną kwotą podatku należnego, może skorygować tę fakturę w zwykłym trybie, tzn. przez wystawienie faktury korygującej.