Usługi świadczone przez instytucje gospodarki budżetowej na rzecz urzędu, który je utworzył, są zwolnione z VAT, gdy do 16 maja zawiadomią urząd skarbowy.
Do końca 2010 roku funkcjonowały państwowe gospodarstwa pomocnicze i zakłady budżetowe i te ostatnie korzystały w pewnym zakresie ze zwolnienia z VAT. Jak mówi Roman Namysłowski, doradca podatkowy w Ernst & Young, ustawa o finansach publicznych powołała w ich miejsce m.in. instytucje gospodarki budżetowej.
Z rozporządzenia wykonawczego do ustawy o VAT w zeszłym roku usunięto pojęcie „zakłady budżetowe” i nie dodano w żadnym zakresie instytucji gospodarki budżetowej.
Lukę tą uzupełniono w nowym rozporządzeniu ministra finansów z 4 kwietnia 2011 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 73, poz. 392).
Instytucję gospodarki budżetowej Centralny Ośrodek Sportu tworzył minister sportu i turystyki, Centralny Ośrodek Dokumentacji Geodezyjnej i Kartograficznej tworzył minister spraw wewnętrznych i administracji, Zakład Inwestycji Organizacji Traktatu Północnoatlantyckiego – minister obrony narodowej, Centrum Usług Logistycznych – komendant główny policji, a Instytucję Gospodarki Budżetowej w Kancelarii Prezydenta – szef tej kancelarii.
Jak wyjaśnia dr Marcin Będzieszak z Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Szczecińskiego, usługi świadczone przez powyższe instytucje na rzecz wymienionych jednostek są zwolnione. Jak wynika z par. 44 nowego rozporządzenia, zwolnienie obowiązuje do 31 grudnia 2011 r. Co więcej, zwolnieniu nie podlegają usługi wymienione w poz. 140 – 153, 174 i 175 załącznika nr 3 do ustawy o VAT oraz usług komunikacji miejskiej, czyli usługi związane z uzdatnianiem wody, odprowadzaniem i oczyszczaniem ścieków, zbieraniem i usuwaniem odpadów, usługi zamiatania śmieci i usuwania śniegu i pozostałe usługi sanitarne.
Jak dodaje Roman Namysłowski, warunkiem skorzystania z tego zwolnienia jest złożenie do 15 maja 2011 r. przez taką instytucję zawiadomienia do właściwego naczelnika urzędu skarbowego o skorzystaniu z tego zwolnienia. Ponieważ 15 maja wypada w niedzielę, to oznacza, że instytucje mają czas na złożenie zawiadomienia do 16 maja (poniedziałek).