Wyższe szkoły niepubliczne są zwolnione z opodatkowania, jeżeli z ich statutu wynika, że realizują działalność oświatową także poprzez wspieranie innych placówek oświatowych.
Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 4385) wypowiedziało się w sprawie opodatkowania dochodów przekazywanych przez wyższe szkoły niepubliczne na rzecz szkół podstawowych i średnich. Ministerstwo wyjaśniło, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT (t. j. Dz. U. z 2000 r. nr 54, poz. 654 z późn. zm.) zwolnienie podatkowe przysługuje podatnikom, których celem statutowym jest m. in. działalność oświatowa, jeżeli dochody przeznaczą na realizację tych celów. Działalność oświatową należy przy tym rozumieć nie tylko jako prowadzenie placówki oświatowej, lecz także wspieranie tej działalności. Szkoła wyższa może zatem korzystać ze zwolnienia, jeżeli z jej statutu wynika, że realizuje działalność oświatową także przez wspieranie innych podmiotów zajmujących się działalnością oświatową, np. szkół podstawowych i średnich.
Resort odniósł się także do kwestii zasadności opodatkowania stypendiów naukowych studentów szkół niepublicznych. Ministerstwo poinformowało, że stypendia te nie mogą korzystać ze zwolnienia podatkowego, ponieważ nie spełniają wymogu zatwierdzenia zasad ich przyznawania przez właściwego ministra. Zdaniem posłów stypendia naukowe wypłacane przez wyższe szkoły niepubliczne powinny korzystać ze zwolnienia, gdyż ich statuty zatwierdzane są decyzjami kolejnych ministrów nadzorujących szkolnictwo wyższe, co jest jednoznaczne z zatwierdzeniem zasad przyznawania stypendiów.