Lekarz prowadzący prywatną praktykę może płacić odpowiednio niższy podatek dochodowy od osób fizycznych w związku z uzyskiwanymi w ten sposób przychodami. Musi jednak wybrać odpowiednią formę własnościową lokalu, który służy za gabinet do przyjmowania pacjentów.
Osoba rozliczająca prywatną praktykę w formie podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie księgi przychodów i rozchodów ma prawo wliczać wydatki w koszty. Niezależnie od tego, czy płaci podatek liniowy, czy ustalany na podstawie skali tabeli podatkowej, może być on niższy, niż gdyby był ustalany wyłącznie na podstawie samych przychodów.
Na to, w jakim zakresie konkretne wydatki na gabinet mogą być wliczane w koszty, przesądza m.in. forma własności lub tytuł prawny, na podstawie którego praktyka wykonywana jest w określonym lokalu.

Wynajmowanie gabinetu

Najbardziej standardowym rozwiązaniem jest wykorzystywanie na praktykę lokalu użytkowego na podstawie umowy najmu. W takim przypadku kosztem uzyskania przychodu są zarówno wszystkie wydatki wiążące się z taką umową, jak i koszty korzystania z gabinetu.
W pierwszym przypadku będą to zarówno sam czynsz najmu określony w umowie, regulowany w określonych terminach i ewidencjonowany w tych terminach jako koszt uzyskania przychodu w podatkowej księdze przychodów i rozchodów, jak i inne koszty związane np. z samym zawarciem umowy, prowizją agencji nieruchomości itp. Mogą to być też wynikające z umowy opłaty ponoszone przez najemcę jednorazowo w wyznaczonych terminach, np. na podatek od nieruchomości i inne opłaty lokalne, za okresowe przeglądy instalacji, na polisę ubezpieczenia nieruchomości, gdy z umowy najmu wynika, iż ubezpieczanie nieruchomości od podstawowych ryzyk leży po stronie najemcy.
Odrębnymi kosztami, które osoba wykonująca prywatną praktykę ma prawo wliczyć w koszt uzyskania przychodu, są wydatki ponoszone w związku z lokalem wykorzystywanym na praktykę bezpośrednio przez najemcę. Przede wszystkim będą to opłaty za media: elektryczność, telefon, wodę, ogrzewanie, sieć internetową itp. Takie wydatki praktykujący na własny rachunek może wliczać w koszty zarówno wtedy, gdy faktury dokumentujące tego rodzaju zobowiązania wystawione będą bezpośrednio na niego, jak i gdy ich adresatem będzie właściciel lokalu. W tym drugim przypadku jednak obowiązek ponoszenia opłat przez najemcę musi wynikać wprost z umowy najmu. Ponadto dla właściwego ujęcia w księdze przychodów takiego kosztu dodatkowo do faktury lub rachunku trzeba będzie sporządzać odpowiedni dowód wewnętrzny.



Praktyka we własnym lokalu

W przypadku gdy praktyka wykonywana jest w gabinecie, który stanowi własność lekarza, za koszt uzyskania dochodu uznaje się wszystkie wydatki ponoszone na jego eksploatację. Dodatkowo można wliczać w koszty amortyzację takiego lokalu, a jeśli lekarz nabył go na kredyt, także odsetki i inne koszty finansowe związane z obsługą takiego kredytu.
Podobnie jest, gdy lokal został pozyskany na podstawie leasingu finansowego. Natomiast jeżeli praktykujący korzysta z nieruchomości na podstawie umowy leasingu operacyjnego, a więc takiego gdy w trakcie trwania umowy lokal stanowi własność leasingodawcy, poza czynszem leasingowym płaconym finansującemu lekarz lub inna osoba wykonująca prywatną praktykę rozlicza koszty związane z tym gabinetem na takich samych zasadach jak przy najmie. Nie ma też wiec prawa do wliczania w koszty amortyzacji gabinetu.
Jeśli jednak poniesie wydatki np. związane z remontem, to podobnie jak w przypadku remontu własnego lokalu czy wynajmowanego wydatki o charakterze bezpośrednio remontowym może wliczyć w koszty bezpośrednio, niezależnie od ich wysokości. Gdy natomiast mają one charakter modernizacji czy ulepszenia, to w całości w koszty wlicza je bezpośrednio tylko wtedy, gdy nie przekraczają one 3,5 tys. zł. Gdy są wyższe, wyłącznie poprzez amortyzację.
Jeżeli lokal jest wynajmowany lub leasingowany na zasadzie leasingu operacyjnego, amortyzacja takich wydatków modernizacyjnych odbywa się jako oddzielna operacja na zasadzie tzw. amortyzacji inwestycji w obcy środek trwały. Natomiast gdy praktykujący jest właścicielem lokalu albo korzysta z niego na podstawie umowy leasingu finansowego, wówczas podwyższa wartość początkową ustalaną dla potrzeb amortyzacji o wydatki na modernizację i w konsekwencji rozlicza je w koszty dzięki podwyższonemu po modernizacji bieżącemu odpisowi amortyzacyjnemu.

Gabinet w formie użyczenia

Kolejnym przypadkiem wartym oddzielnego omówienia jest prowadzenie prywatnej praktyki w lokalu na podstawie użyczenia. Wówczas lekarz czy inna praktykująca osoba ma tytuł prawny, by wliczać w koszty wszystkie wydatki towarzyszące korzystaniu z takiej nieruchomości ponoszone w związku z wykonywaną tam praktyką. Przede wszystkim są to wydatki na eksploatację, ale także na remont lub modernizację polegającą np. na przystosowaniu lokalu do potrzeb gabinetu medycznego. W tym drugim przypadku, gdy wydatki te mają charakter modernizacyjny, mogą być wliczane w koszty, podobnie jak przy najmie, na zasadzie opisanej wyżej inwestycji w obcy środek trwały.
Trzeba jednak pamiętać o istotnych podatkowych uwarunkowaniach użyczenia. Po pierwsze, dla korzystającego z użyczenia lekarza czy innej praktykującej osoby powoduje ono powstanie obowiązku uznania za przychód z działalności (klasyfikowany jako inny przychód) hipotetycznej wartości czynszu, jaki byłby należny w przypadku najmu lokalu stanowiącego przedmiot użyczenia. Natomiast w przypadku właściciela lokalu, a więc użyczającego, użyczenie może być uznawane za przychód podlegający opodatkowaniu, także od wysokości hipotetycznego czynszu najmu. Tak będzie wówczas, gdy między stronami umowy użyczenia nie jest spełniony warunek, że są oni członkami najbliższej rodziny, a nieruchomość nie jest wykorzystywana na ich własne potrzeby.