Nie zawsze podatnicy VAT rozliczają się w urzędzie skarbowym znajdującym się tam, gdzie mieszkają lub mają swoją siedzibę.

Generalnie właściwym dla podatnika organem podatkowym jest naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na miejsce wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Wynika to z art. 3 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm., dalej ustawa o VAT). Od zasady tej są jednak wyjątki. Jeżeli czynności podlegające opodatkowaniu VAT są wykonywane na terenie objętym zakresem działania dwóch lub więcej urzędów skarbowych, to właściwość miejscową ustala się dla:
  •  osób prawnych oraz jednostek organizacyjnych niemających osobowości prawnej - ze względu na adres siedziby;
  •  osób fizycznych - ze względu na miejsce zamieszkania.
Regulacje te zawarte są w art. 3 ust. 2 ustawy o VAT.
Oddzielne unormowania przewidziano dla podatników, o których mowa w art. 16 i w art. 17. Chodzi m.in. o osoby prawne i fizyczne dokonujące wewnątrzwspólnotowej dostawy nowych środków transportu, w przypadku gdy okoliczności nie wskazują na zamiar wykonywania tej czynności w sposób częstotliwy (art. 16). Dotyczy to m.in. także osób prawnych i fizycznych, na których ciąży obowiązek uiszczenia cła, również w przypadku, gdy na podstawie przepisów celnych importowany towar jest zwolniony od cła albo cło na towar zostało zawieszone, w części lub w całości, albo zastosowano preferencyjną, obniżoną lub zerową stawkę celną (art. 17 ustawy o VAT).
W przypadku podatników, o których mowa w art. 16 i w art. 17, niebędących podatnikami w rozumieniu art. 15, właściwym organem podatkowym jest:
  •  dla osób prawnych oraz jednostek organizacyjnych niemających osobowości prawnej - naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na adres siedziby,
  •  dla osób fizycznych - naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na miejsce zamieszkania.
Dla podatników nieposiadających stałego miejsca zamieszkania lub siedziby albo stałego miejsca prowadzenia działalności na terytorium kraju - właściwym organem podatkowym jest naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście. Kwestie te uregulowano w art. 3 ust. 3 ustawy o VAT.
Krzysztof Tomaszewski