Organ podatkowy może wydać postanowienie nawet w przypadku, gdy zapłata podatku dokonana została w odpowiedniej wysokości lub ją przekraczała.

Naczelnik urzędu skarbowego, działając na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej, zaliczył na poczet zaległości podatkowych wpłatę dokonaną przez spółkę. Naczelnik podjął takie postanowienie w oparciu o decyzję urzędu kontroli skarbowej, który wyliczył spółce podatek, kwotę do zwrotu oraz odsetki. Urząd skarbowy wydał postanowienie w tej sprawie. Z wydaniem postanowienia nie zgodziła się spółka, która uważała, że naczelnik nie miał podstaw do wydania postanowienia.
Spółka twierdziła, że urząd kontroli skarbowej błędnie naliczył odsetki za zwłokę. Zdaniem spółki urząd skarbowy powinien więc wstrzymać się z wydaniem postanowienia do czasu rozstrzygnięcia kwestii zaległości podatkowych, którą miał rozstrzygnąć sąd. W wyniku późniejszego orzeczenia sądu decyzja organu dotycząca należności podatkowej została uchylona, zatem rozliczenie dokonane przez podatnika uznano za prawidłowe. Spółka twierdziła więc, że wskutek braku zawieszenia postępowania przez naczelnika urzędu skarbowego zaliczono nadpłatę na zaległości podatkowe spółki, które nie istniały. Domagała się przed WSA uznania, że postanowienie zostało wydane błędnie. Dyrektor izby skarbowej przyznał w decyzji, że wobec nieistnienia innych zobowiązań podatnika zaliczenie wpłaty na zaległości podatkowe było zbędne. Uznał jednak, że odsetki za zwłokę zostały naliczone prawidłowo.
WSA po rozpoznaniu sprawy oddalił skargę. Sąd uznał, że w momencie wydania decyzji przez organy istniała w obrocie prawnym decyzja określająca zobowiązania podatkowe spółki w wysokości innej niż zadeklarowana przez spółkę. W ocenie sądu, organ nie musi czekać na uprawomocnienie wyroku sądu, a zatem nawet nieprawomocna decyzja organu była ważna. Postanowienie może być wydane również wtedy, gdy zapłata nie jest wystarczająca.
Sygn. akt III SA/Wa 52/07
ŁUKASZ ZALEWSKI