Lekarz lub inna osoba, która zdecyduje się rozpocząć działalność na własny rachunek, musi wybrać formę opodatkowania dochodów uzyskanych z opieki nad pacjentami. Jednak, by korzystać z karty podatkowej lub ryczałtu, może świadczyć usługi wyłącznie na warunkach wolnego zawodu.
Jeśli zainteresowana osoba chce prowadzić prywatną praktykę bez ograniczeń dotyczących czasu pracy czy zatrudniania innych osób, powinna płacić podatek na zasadach ogólnych. Jeśli jednak nie świadczy usług na rzecz byłego pracodawcy, może płacić podatek wyliczany nie według skali tabeli podatkowej, ale w stałej wysokości 19 proc.

Karta lub ryczałt

Podatnicy prowadzący działalność opodatkowaną w formie karty podatkowej są zwolnieni od obowiązku prowadzenia ksiąg, składania zeznań podatkowych, deklaracji o wysokości uzyskanego dochodu oraz wpłacania zaliczek na podatek dochodowy. Występując o objęcie opodatkowaniem w formie karty, tylko raz wypełniają specjalny wniosek, PIT-16. Po upływie roku podatkowego, w terminie do 31 stycznia, są zobowiązani złożyć we właściwym urzędzie skarbowym roczną deklarację według wzoru (PIT-16A) o wysokości składki na powszechne ubezpieczenie zdrowotne, zapłaconej i odliczonej od karty podatkowej w poszczególnych miesiącach.
Osoby, które rozpoczynają prywatną praktykę i ze względu na wykonywanie jej w ramach wolnego zawodu zechcą skorzystać z ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych, który w przypadku wykonywania wolnego zawodu wynosi 20 proc. przychodów, informują naczelnika urzędu skarbowego o wyborze tej formy opodatkowania do 20 stycznia 2009 r.
Podatnicy są zobowiązani obliczać za każdy miesiąc ryczałt od przychodów ewidencjonowanych i wpłacać go na rachunek urzędu skarbowego właściwego według miejsca zamieszkania podatnika w terminie do 20 następnego miesiąca, a za miesiąc grudzień w terminie złożenia zeznania. Korzystający z opodatkowania na zasadzie ryczałtu są zobowiązani złożyć w urzędzie skarbowym właściwym według miejsca zamieszkania podatnika zeznanie według ustalonego wzoru o wysokości uzyskanego przychodu, wysokości dokonanych odliczeń i należnego ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych (PIT-28) w terminie do 31 stycznia następnego roku.
Osoby przechodzące na prywatną praktykę, podobnie jak wszyscy inni przedsiębiorcy nieobjęci kartą podatkową lub ryczałtem, mogą od 1 stycznia 2009 r. płacić podatek według dwustopniowej skali podatkowej, czyli według stawek 18 i 32 proc., albo w stałej wysokości 19 proc. Z podatku liniowego nie mogą jednak skorzystać samozatrudnieni, którzy działają na rzecz byłego pracodawcy.

Podatek z księgi przychodów

Niezależnie od sposobu płacenia podatku dochodowego, osoby fizyczne prowadzące pozarolniczą działalność gospodarczą muszą założyć i prowadzić księgę przychodów i rozchodów oraz ewentualnie dodatkową dokumentację. W przypadku spółki cywilnej osób fizycznych lub spółki jawnej osób fizycznych, księga jest prowadzona dla spółki. Jest ona niezbędna do ustalenia wysokości przychodów z działalności, kosztów ich uzyskania, a w konsekwencji dochodu, który podlega opodatkowaniu.
Podatnicy osiągający dochody z pozarolniczej działalności gospodarczej opodatkowanej na podstawie art. 27 (czyli ze skali podatkowej), są zobowiązani bez wezwania wpłacać w ciągu roku podatkowego zaliczki na podatek dochodowy. Zaliczki mogą płacić miesięcznie lub raz na kwartał. Podobne obowiązki i prawa mają ci, którzy wybrali podatek liniowy.

Zaliczki na podatek i zeznanie

Od 1 stycznia 2007 r. osoby opłacające co miesiąc zaliczki na podatek według zasad standardowych, jak rozliczające się kwartalnie lub wybierające system zaliczek uproszczonych, nie muszą składać deklaracji miesięcznych (np. PIT-5 czy PIT-5L), ani żadnych innych, poza zeznaniem rocznym.
Podatnicy są obowiązani składać urzędom skarbowym zeznanie, według ustalonego wzoru (PIT-36), o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) w roku podatkowym, w terminie do 30 kwietnia roku następującego po roku podatkowym, a korzystający z podatku liniowego PIT-36L.
W przeciwieństwie do PIT-36L, czyli rocznego rozliczenia pozarolniczej działalności gospodarczej opodatkowanej podatkiem w stałej wysokości 19 proc., w rocznym rozliczeniu na podstawie tabeli podatkowej, czyli PIT-36, trzeba uwzględnić wszystkie dochody opodatkowane na zasadach ogólnych: z pracy, emerytur i rent, działalności wykonywanej osobiście, cywilnych umów zlecenia i o dzieło, najmu, gdy podatnik nie korzysta z ryczałtu.