Najem jest czynnością co do zasady podlegającą podatkowi od towarów i usług. Gdy wynajmujemy nieruchomości wyłącznie na cele mieszkalne, VAT-em przejmować się nie musimy, bowiem takie czynności są w pełni zwolnione z podatku od towarów i usług. Niezależnie do wysokości uzyskiwanego z takiego najmu przychodu. Nieruchomości niemieszkalne, a więc np. garaż, już takim zwolnieniem objęte nie są. Mamy prawo do zwolnienia, tzw. zwolnienia podmiotowego. Polega ono na tym, że jeśli wykonujemy czynności podlegające VAT o wartości nieprzekraczającej w 2009 roku 50 tys. zł, korzystamy ze zwolnienia z podatku od towarów i usług. Jednak ten limit dotyczy wszystkich czynności, które wykonujemy, podlegających podatkowi od towarów i usług. Ponadto ustalany on jest z uwzględnieniem upływu czasu. Jeśli więc najem garażu rozpoczniemy od 1 kwietnia, przysługiwać nam będzie jedynie 9/12 limitu, czyli 37,5 tys. zł.

Gdy przychód przekroczy tę granicę, musimy zarejestrować się w urzędzie skarbowym jako czynni podatnicy VAT i płacić go co miesiąc (lub wybrać, za oddzielnym powiadomieniem naczelnika urzędu skarbowego, rozliczenia co trzy miesiące jako tzw. mały podatnik), prowadzić ewidencje wymagane przez przepisy o podatku od towarów i usług, a najemcom wystawiać faktury VAT.Możemy od razu zarejestrować się i płacić VAT nawet od niewielkiego przychodu z własnej woli. W praktyce zdarza się to często, gdy np. najemca warunkuje zawarcie umowy najmu otrzymywaniem faktur VAT.

Zdarza się że wynajmujący uzyskuje przychody z najmu nieruchomości na cele mieszkalne poza prowadzoną działalnością, a poza tym jest przedsiębiorcą uzyskującym obrót objęty podatkiem VAT w takiej wysokości, że nie może korzystać ze zwolnienia podmiotowego. Choć najem na cele mieszkalne jest zwolniony z VAT, to jednak taki podatnik powinien uwzględniać przychody uzyskiwane z umów najmu przy rozliczeniach w ramach podatku od towarów i usług.

Jeśli najemca chce otrzymywać dokument potwierdzający wpłatę należności z tytułu umowy najmu, to wynajmujący będący czynnym podatnikiem VAT powinien mu wystawiać fakturę VAT. Gdy kontrahent żadnego potwierdzenia nie oczekuje, bo np. reguluje wszystkie należności przelewem na konto wskazane przez wynajmującego, należy taki obrót także ująć w ewidencji sprzedaży VAT - w części przeznaczonej na dokumentowanie sprzedaży bezrachunkowej.

Podobnie postępuje podatnik, który nie prowadzi działalności gospodarczej, ale uzyskuje wyłącznie przychody z umów najmu nieruchomości zarówno na cele mieszkalne, jak i niemieszkalne, o ile tylko nie może skorzystać lub świadomie zrezygnuje ze zwolnienia podmiotowego. Wówczas należności od lokatorów dokumentuje fakturami VAT, w kolumnie przeznaczonej na wpisanie stawki podatku wpisując zwolnione.