W praktyce obrotu gospodarczego problematyczne jest, czy w przypadku gdy nabyte przez podatnika towary, od których odliczył podatek naliczony, uległy zniszczeniu lub kradzieży, istnieje obowiązek korekty odliczonego VAT. Jak należy postąpić w tej sytuacji?
Zagadnienie to należy rozpatrywać z uwzględnieniem regulacji dyrektywy 2006/112/WE. I tak zgodnie z art. 185 ust. 1 dyrektywy – co do zasady – w razie gdy po złożeniu deklaracji rozliczeniowej w VAT nastąpi zmiana czynników uwzględnianych przy określaniu kwoty odliczenia, wówczas należy dokonać korekty odliczenia podatku naliczonego. Jednak na podstawie ustępu 2 tego artykułu korekta nie jest dokonywana m.in. w przypadkach należycie udokumentowanego lub potwierdzonego zniszczenia, zagubienia lub kradzieży towarów. Ustawodawca unijny podkreśla, że pierwotna intencja wykorzystania nabytego towaru do działalności podlegającej opodatkowaniu ma charakter przesądzający o nabyciu i istnieniu prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej potwierdził w wyroku z 4 października 2012 r. w sprawie C- 550/11 (PIGI – Pavleta Dimowa ET), że decydującym kryterium powstania prawa do odliczenia podatku naliczonego jest rzeczywisty lub zamierzony sposób użytkowania nabytych towarów lub usług. Prawo to może, co do zasady, zostać podatnikowi odebrane lub jego zakres ograniczony, tylko jeżeli podatnik wykorzysta nabyty towar do prowadzenia działalności, w związku z którą odliczenie nie przysługuje. Jest to zasada generalna, albowiem w drugim zdaniu art. 185 ust. 2 dyrektywy 2006/112/WE ustawodawca unijny daje jednak państwom członkowskim możliwość wprowadzenia obowiązku dokonania korekty m.in. w przypadku kradzieży towarów. Jednak jest to tylko opcja, z której państwo członkowskie może, ale nie musi skorzystać. Polska z tej możliwości (wynikającej ze zdania drugiego art. 185 ust. 2 dyrektywy 2006/112/WE) nie skorzystała. Należy zatem przyjąć, że zdarzenia takie, jak kradzież czy zniszczenie towarów nie tworzą po stronie podatnika obowiązku korekty pierwotnie odliczonego podatku naliczonego.