Jedna z podstawowych trudności związanych z realizacją wspólnego przedsięwzięcia gmin to rozliczenie między gminami kosztów poniesionych na podstawie umowy partnerskiej (umowy o wspólnym przedsięwzięciu) przez gminę, która pełniła rolę lidera. To ta gmina występowała w relacji z podmiotami trzecimi, przede wszystkim dostawcami towarów i usług, jako podmiot reprezentujący cała grupę dokonującą inwestycji. W związku z tym, to ona dostawała faktury za dostarczone towary i wykonane usługi. Ponieważ umowa określa proporcjonalny udział wszystkich gmin w inwestycji, należało obciążyć częścią poniesionych kosztów pozostałe gminy – partnerów w tym przedsięwzięciu. I tu pojawiała się wątpliwość, czy takie obciążenie powinno podlegać VAT.

Problemem zajął się NSA, który w wyroku z 29 września 2011 r. (sygn. akt I FSK 1609/10) uznał – niewątpliwie trafnie – że w takim przypadku zasada neutralności VAT może być zrealizowana tylko dzięki refakturowaniu części kosztów zakupów na inne gminy, będące partnerami w przedsięwzięciu. Sąd zaznaczył, że gmina będąca liderem występuje w imieniu własnym, ale w pewnej części na rzecz innych partnerskich gmin.

Na podstawie art. 8 ust. 2a ustawy o VAT w przypadku, gdy podatnik, działając we własnym imieniu, ale na rzecz osoby trzeciej, bierze udział w świadczeniu usług, przyjmuje się, że ten podatnik sam otrzymał i wyświadczył usługi. Ta regulacja, odpowiadająca art. 28 dyrektywy 2006/112, rozstrzyga wątpliwości. Skoro podatnikiem jest osobą działającą w imieniu własnym, ale na rzecz osoby trzeciej, to oznacza, że lider każdorazowo jest uważany za usługodawcę, a refaktura, wystawiana na gminy partnerskie, powinna być obciążona VAT. Stanowisko to zostało potwierdzone w orzecznictwie (np. wyrok WSA w Gliwicach z 4 lipca 2012 r., sygn. akt III SA/Gl 2115/11).