Przepis ten zwalnia z opodatkowania dochody m.in. podatników, których celem statutowym jest działalność naukowa, naukowo-techniczna, oświatowa – w części przeznaczonej na te cele. Preferencja obejmuje zatem dochody instytutu badawczego osiągnięte ze wszystkich źródeł (poza wyraźnie wskazanymi w ustawie o CIT) pod warunkiem przeznaczenia ich na określone cele.

Organy podatkowe odmawiają prawa do zwolnienia, powołując się na przepisy ustawy o instytutach badawczych.

Zobowiązują one instytuty badawcze do wyodrębnienia działalności gospodarczej pod względem rachunkowym i finansowym oraz do ustalonego w przepisach sposobu dysponowania osiągniętym zyskiem.

Uznać jednak należy, że przepisy ustawy o instytutach badawczych nie ograniczają zasad zwolnienia z podatku dochodów tych podmiotów.

Wynika to z tego, że całość regulacji dotyczących opodatkowania działalności prowadzonej przez instytuty badawcze znajduje się w ustawie o CIT.

Nie przewiduje ona natomiast specjalnych zasad ustalania dochodu przez instytuty badawcze. W szczególności nie dzieli ich dochodu na jakiekolwiek kategorie, zależnie od źródeł, z jakich został uzyskany.

Taka interpretacja art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT, odmienna od obecnego stanowiska organów podatkowych, była jednolicie prezentowana przez sądownictwo administracyjne w stanie prawnym obowiązującym do 30 września 2010 r. 

Instytuty badawcze działały wtedy na podstawie ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych. Uważam, że ta linia orzecznicza zachowuje aktualność także po tej dacie (pod rządami nowej ustawy o instytutach badawczych).

Zasadne jest zatem, aby minister finansów zajął jednoznaczne stanowisko, zbieżne z poglądami prezentowanymi w orzecznictwie sądowym, jako zgodne z obowiązującymi przepisami i jednocześnie wspierające wyższe dobro, jakim jest rozwój polskiej nauki.