Korzystanie z ulgi podatkowej w specjalnej strefie ekonomicznej uwarunkowane jest poniesieniem wydatków na inwestycję lub zatrudnienie pracowników. Wyższa z tych dwóch kwot, po przemnożeniu przez wskaźnik pomocy publicznej, odpowiada wielkości podatku dochodowego, z którego zapłaty zwolniony jest przedsiębiorca. Wydatki warunkujące uzyskanie pomocy publicznej ponoszone są najczęściej jeszcze przed faktycznym rozpoczęciem działalności, zaś dochody mogą pojawić się dopiero po kilku latach. Pomimo że kwota podatku objęta zwolnieniem jest w ujęciu nominalnym wartością stałą i zależną od wcześniej dokonanych wydatków, to w ujęciu ekonomicznym ma ona w każdym kolejnym roku coraz mniejszą wartość. Wynika to ze zjawiska utraty wartości pieniądza w czasie.

W celu zachowania porównywalności kwot ponoszonych wydatków w strefie i otrzymanej pomocy publicznej wartości te dyskontuje się na dzień wydania zezwolenia na działalność w strefie. Obecnie stosuje się tu stopę bazową ogłaszaną przez Komisję Europejską, powiększoną o jeden punkt procentowy. Od 1 stycznia 2012 r. tak ustalona stopa wynosi 5,91 proc. W celu uproszczenia mechanizmu dyskontowania przyjmuje się, że wydanie zezwolenia, poniesienie wydatku oraz otrzymanie pomocy publicznej nastąpiło ostatniego dnia miesiąca, w którym te zdarzenia miały miejsce.

Pomimo że ze zwolnienia podatkowego można korzystać już w trakcie roku podatkowego, to przyjmuje się, że dniem udzielenia pomocy publicznej jest dzień, w którym upłynął termin do złożenia rocznego zeznania o wysokości dochodu za ten rok. Z kolei odnosząc się do dnia poniesienia wydatku, organy podatkowe, odmiennie niż sądy administracyjne, twierdzą, że chodzi tu o dzień faktycznego dokonania wydatku, a nie jego zarachowania.