Decyzja o rozpoczęciu działalności w specjalnej strefie ekonomicznej jest zwykle podyktowana możliwością korzystania ze zwolnienia w podatku dochodowym. Jego wysokość zależy od wskaźnika intensywności pomocy publicznej, który określa, jaki procent wydatków inwestycyjnych uwzględnia się przy kalkulacji zwolnienia. Intensywność pomocy ustalana jest odrębnie dla każdego województwa. Najmniejsza 30-proc. pomoc jest przewidziana dla województwa mazowieckiego. Z kolei największa – 50-proc. – dla województw: lubelskiego, podkarpackiego, warmińsko-mazurskiego, podlaskiego, świętokrzyskiego, opolskiego, małopolskiego, lubuskiego, łódzkiego i kujawsko-pomorskiego. Pozostałe obszary gwarantują wskaźnik pomocy na poziomie 40 proc.

Poziom pomocy nie jest istotnym czynnikiem decydującym o wyborze strefy, a największą popularnością cieszą się strefy katowicka i wałbrzyska. Regiony oferujące największą intensywność pomocy zwykle cechują się niższym poziomem rozwoju gospodarczego. Natomiast dla przedsiębiorcy duże znaczenie ma stopień uprzemysłowienia regionu oraz dostępność odpowiedniej wielkości działki pod działalność. Budowa dużej fabryki od podstaw może być inwestycją nietrafioną, jeżeli przedsiębiorca nie zdąży osiągnąć wystarczająco dużego dochodu podlegającego zwolnieniu, chyba że okres funkcjonowania stref zostanie wydłużony. Niebagatelne znaczenie mają kwestie logistyczne, tj. obecność źródeł zaopatrzenia, dostępność rynków zbytu, odległość od granic państwa. Istotna jest też obecność wykwalifikowanych kadr oraz szkół gwarantujących stały dopływ specjalistów. Duże pole do działania mają sami zarządzający strefami, którzy rozbudowując miejscową infrastrukturę, w szczególności drogi i sieci energetyczne, mogą zachęcić do inwestycji w ich strefę. Ważny jest odpowiedni klimat inwestycyjny tworzony przez zarządzających strefą oraz władze samorządowe.