Orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości UE (np. orzeczenia C-333/91 Sofitam, C-142/99 Floridienne/Berginvest, C-465/03 Kretztechnik) dotyczące ustalania proporcji z reguły korzystne było dla podatników. Jednak pewna wątpliwość pojawiła się na tle rozstrzygnięcia w sprawie C-437/06 Securenta, w którym Trybunał nieco zmienił zdanie, uznając (w pewnym uproszczeniu), że to w gestii państw członkowskich jest szczegółowe określenie sposobu ustalania proporcji kwoty podatku naliczonego podlegającego odliczeniu.

NSA w ubiegłorocznej uchwale podjął niewątpliwie słuszne i trafne rozstrzygnięcie. Uznał bowiem, że regulacje polskiej ustawy o VAT nie dają możliwości przyjęcia, że w przypadku, gdy podatnik wykonuje czynności opodatkowane i niepodlegające opodatkowaniu jest obowiązany do odliczenia podatku naliczonego przy uwzględnieniu zasad proporcjonalnego odliczenia wynikających z art. 90 ustawy o VAT. W związku z tym NSA stwierdził, że w przypadku gdy podatnik poniósł wydatki związane zarówno z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi (ale nie – zwolnionymi) i czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu, wówczas ma prawo do pełnego odliczenia kwoty VAT naliczonego wynikającego z tych zakupów.

Zatem w razie gdy podatnik wykonuje wyłącznie czynności opodatkowane oraz czynności niepodlegające VAT, nie ma obowiązku stosowania rozliczenia proporcjonalnego. Obowiązek ten powstanie wówczas, gdy łącznie spełnione zostaną dwa podstawowe warunki: podatnik obok czynności opodatkowanych wykonywać będzie także czynności zwolnione, a ponadto dokonane wydatki służyć będą w całości lub części obydwu rodzajom działalności. Dopiero wtedy zasada rozliczenia proporcjonalnego podatku naliczonego będzie musiała być zastosowana.