Od początku bezsporny pozostawał fakt, że wniesienie aportem prawa jest opodatkowane VAT jako świadczenie usług. Pozostawały jednak istotne wątpliwości co do tego, jak rozliczyć taką transakcję, tzn. czy udziały (akcje) należy wycenić według wartości brutto czy netto. Jeśli natomiast jest to wartość netto, to czy przypadkiem dopłacony VAT przez spółkę, do której wnoszony jest aport, stanowi przychód opodatkowany podatkiem dochodowym.

Praktyka pokazuje, że organy podatkowe oswoiły się już z nowym stanem prawnym i przyjęły sugestie zgłaszane od początku przez doradców podatkowych, aby aporty dla celów podatkowych rozliczać w wartości netto, a ewentualne dopłaty VAT powinny pozostać bez wpływu na pozycję podatników w zakresie podatków dochodowych. Potwierdzeniem tego stanowiska jest interpretacja indywidualna wydana przez dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 29 listopada 2011 r. (nr IPTPB3/423-237/11-3/GG).

W sprawie tej podatnik stwierdził, że kwota VAT należnego przekazana przez spółkę otrzymującą aport w związku z transakcją wniesienia aportu nie spowoduje powstania po jego stronie przychodu do opodatkowania CIT. Przyjęcie innego stanowiska w takiej sytuacji naruszałoby zasadę neutralności VAT, wyrażoną w dyrektywie UE 2006/112. Kwota należnego VAT nie stanowi bowiem dla podatnika definitywnego przysporzenia majątkowego, gdyż musi zostać przekazana do właściwego urzędu skarbowego. Organ podatkowy uznał to stanowisko za prawidłowe. Dyrektor izby podkreślił, że zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy o CIT do przychodów nie zalicza się należnego VAT. Tym samym podatek od towarów i usług, jako element ceny należnej, obciąża bezpośrednio nabywcę towaru lub usługi i pozostaje neutralny dla celów CIT.