Kwestie podatkowej kwalifikacji transgranicznych płatności dotyczących wykorzystania programów komputerowych należą do trudniejszych zagadnień prawnych. Dlaczego?
Podstawowym pytaniem w tym kontekście jest to, czy dana płatność stanowi należności licencyjne w rozumieniu art. 12 typowej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania, opartej na Modelowej Konwencji OECD i w konsekwencji może być również przedmiotem opodatkowania pobieranego w państwie źródła, czy też jest ona raczej wynagrodzeniem za usługi dotyczące oprogramowania komputerowego, a więc powinno być opodatkowane tylko w państwie siedziby usługodawcy, z wyjątkiem sytuacji, gdy usługi takie są świadczone w państwie źródła za pośrednictwem zakładu.
Oficjalny Komentarz do Modelowej Konwencji OECD stwierdza, że bardzo często porozumienia między właścicielem praw autorskich do programu a dystrybutorem sprowadzają się jedynie do nabycia prawa do dystrybucji kopii oprogramowania – bez prawa jego kopiowania. Takie umowy nie stanowią przekazania licencji, a płatności z tego tytułu nie są należnościami licencyjnymi. Podobnie przekazanie całości praw autorskich do programu komputerowego nie stanowi umowy licencyjnej, a więc nie rodzi w państwie źródła obowiązku podatkowego w zakresie należności licencyjnych.
W Komentarzu do art. 12 stwierdzono, że wypłaty z tytułu programów komputerowych powstające na tle licencji praw autorskich są tylko opłatami, które mogą być uznane za opłaty licencyjne.
Odrębnym zagadnieniem są umowy mieszane, obejmujące zarówno udzielenie licencji, jak i wykonanie określonych usług. W takim przypadku niezbędne jest odrębne kwalifikowanie poszczególnych świadczeń dla potrzeb podatkowych.