Wątpliwości dotyczą tego, czy taka faktura korygująca, powinna zostać ujęta w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona pierwotna faktura (w którym powstał obowiązek podatkowy w stosunku do wykonanej czynności) bez względu na przyczynę korekty, czy też nie. W tym sporze należy zdecydowanie opowiedzieć się za stanowiskiem, zgodnie z którym przyczyna korekty ma charakter decydujący dla ujęcia faktury korygującej w rozliczeniu za konkretny okres. Jest bowiem fundamentalna różnica pomiędzy przypadkiem, gdy faktura korygująca jest wystawiana ze względu na popełniony przez podatnika błąd, oraz przypadkiem, gdy po wykonaniu czynności i wystawieniu faktury cena uległa podwyższeniu.

W tej pierwszej sytuacji nie ulega wątpliwości, że podatnik powinien skorygować pierwotne rozliczenie – skoro bowiem cena została zaniżona na skutek błędu, to oznacza, że w istocie rzeczy nie doszło do powstania żadnej nowej okoliczności po wystawieniu pierwotnej faktury. Natomiast kwota wyższa powinna była być zafakturowana od razu. Inaczej jednak rzecz przedstawia się w przypadku, gdy na skutek pewnych okoliczności podatnik podwyższył cenę po wystawieniu pierwotnej faktury.

Przy czym bez znaczenia jest powód takiego podwyższenia. Ważne jest jedynie to, że doszło do niego już po wystawieniu pierwotnej faktury. Innymi słowy po wystawieniu pierwotnej faktury zaszły okoliczności, które sprawiły, że cena uległa podwyższeniu o konkretną kwotę, a podatnik uzyskał prawo do domagania się jej zapłaty od nabywcy towaru lub usługi. W tym przypadku faktura korygująca podwyższająca cenę powinna być ujęta w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona. Stanowisko to znalazło odzwierciedlenie w szeregu zapadłych w tym roku orzeczeń sądów administracyjnych (np. wyrok NSA z 1 czerwca 2011, sygn. akt I FSK 853/10) i należy mieć nadzieję, że kwestia ta przestanie już budzić wątpliwości.