W polskim prawie do końca 2009 roku nie było przepisów, które wprost przyznawałyby prawo podmiotów uprawnionych do otrzymania odsetek od nieterminowego zwrotu VAT, co sprawiało, że odpowiedzialny za zwroty II Urząd Skarbowy Warszawa Śródmieście od 2004 roku nagminnie zwracał VAT podmiotom zagranicznym z istotnym opóźnieniem.

Choć do końca 2009 roku przepisy dotyczące zwrotu VAT nierezydentom nie regulowały wprost kwestii oprocentowania nieterminowego zwrotu podatku, prawo do odsetek przysługuje na mocy odpowiedniej wykładni ustawy o VAT oraz rozporządzenia, dokonywanej w świetle prawa wspólnotowego oraz konstytucyjnej zasady równości. Potwierdził to m.in. WSA w Warszawie w wyroku z 21 kwietnia 2011 r. (sygn. akt III SA/Wa 2010/10).

Regulacja dotycząca naliczania odsetek od nieterminowych zwrotów VAT na rzecz nierezydentów wprowadzona została w rozporządzeniu obowiązującym od 1 stycznia 2010 r. Od kwoty podatku niezwróconej przez urząd skarbowy w terminie 10 dni od dnia wydania decyzji o wysokości uznanej kwoty zwrotu podatku naliczane są odsetki analogicznie jak dla podatników krajowych.

Nie usunięto jednak wszystkich wątpliwości związanych ze zwrotem VAT na. Organy podatkowe mogą twierdzić, że odsetki należą się wyłącznie, gdy zwrot podatku nastąpił w terminie późniejszym niż 10 dni od momentu wydania decyzji o wysokości uznanej kwoty zwrotu podatku. Mogą zatem nie uznawać prawa podatnika do odsetek, jeżeli sama decyzja została wydana z przekroczeniem terminu (lub w ogóle nie zostanie wydana). Nie jest to jednak prawidłowe postępowanie w świetle przepisów Dyrektywy 2008/9/WE. W sytuacji odmowy wypłaty odsetek podatnicy mogą bezpośrednio powoływać się na przepisy dyrektywy i wywodzić z nich korzystne dla siebie skutki prawne.