W sprawie dotyczącej potrącenia strat poniesionych przez funkcjonujące oddziały polskiej spółki w Czechach i Słowacji, w wyroku WSA w Warszawie z 1 października 2009 r. (sygn. akt III SA/Wa 842/09) stwierdzono, że ponieważ dochody tych oddziałów spółki – zgodnie z zawartymi umowami o unikaniu podwójnego opodatkowania – nie są opodatkowane w Polsce, to uregulowania podatkowe ograniczające możliwość potrącenia strat przez macierzystą spółkę polską są co do zasady uzasadnione koniecznością zachowania podziału władztwa podatkowego między zainteresowanymi państwami oraz koniecznością zapobieżenia ryzyku podwójnego uwzględnienia strat. Stanowisko WSA podtrzymał również NSA.

Z kolei w wyroku WSA w Warszawie z 2 grudnia 2010 r. (sygn. akt III SA/Wa 2611/10), odnoszącym się do potrącenia strat poniesionych przez likwidowany zakład na Węgrzech, stwierdzono, że w świetle zasady prymatu prawa wspólnotowego nad prawem wewnętrznym, zasadniczego znaczenia nabiera kwestia interpretacji art. 7 ustawy o CIT, zwłaszcza zaś stosowanie tego przepisu w kontekście zasad zakazu dyskryminacji ze względu na przynależność państwową oraz swobodę przedsiębiorczości i równości konkurencji, proklamowanych w art. 12 i art. 43 Traktatu WE.

WSA stwierdził – odwołując się do wspomnianych przepisów wspólnotowych – że dla wyeliminowania dyskryminującego traktowania danej spółki należy jej przyznać prawo do rozliczenia straty zaistniałej w rozliczeniu dokonywanym w Polsce już po likwidacji zagranicznego zakładu. Rozliczenie to nastąpić powinno na tej samej podstawie, na jakiej nastąpiłoby rozliczenie straty w Polsce, tj. na podstawie art. 7 ust. 5 ustawy o CIT.

WSA podtrzymał utrwalone już orzecznictwo unijne, dotyczące obowiązku państw członkowskich zapewnienia swobody przedsiębiorczości oraz zakazu dyskryminacyjnego traktowania ze względu na kryterium pochodzenia państwowego przedsiębiorcy.