Konsorcjum nie jest odrębnym podmiotem gospodarczym, nie posiada własnego majątku, a podmioty tworzące konsorcjum są niezależne w swoich dotychczasowych działaniach. W praktyce pojawia się pytanie o wzajemne rozliczenia uczestników konsorcjum. Zagadnienie to było przedmiotem rozstrzygnięcia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 2 lutego 2011 r. (sygn. akt III SA/Wa 1223/10).

Kwestię sporną orzeczenia stanowiła wykładnia art. 5 ustawy o CIT. Zgodnie z tym przepisem przychody z udziału w spółce niebędącej osobą prawną, ze wspólnej własności, wspólnego przedsięwzięcia, wspólnego posiadania lub wspólnego użytkowania rzeczy i praw majątkowych łączy się z przychodami każdego wspólnika proporcjonalnie do posiadanego udziału. W przypadku braku przeciwnego dowodu przyjmuje się, że udziały wspólników są równe. Takie same zasady mają zastosowanie do rozliczania kosztów uzyskania przychodów. W tej konkretnej sprawie umowa konsorcjum przewidywała, że dochody jego członków będą określane w inny sposób niż przez ustalenie udziału procentowego w zysku konsorcjum. Natomiast każdy z konsorcjantów zgodnie z umową będzie odpowiedzialny za określone przedmiotowo prace, których przychody i koszty będą ustalane osobno u każdego członka konsorcjum. Wynagrodzenie konsorcjantów miało być ustalane zgodnie z wyceną prac.

Sąd stwierdził, że brak zależności organizacyjnych w ramach konsorcjum nie pozwala na potraktowanie takiej formy działania jako wspólnego przedsięwzięcia w rozumieniu art. 5 ustawy o CIT. Nie ma bowiem podmiotu, który byłby odpowiedzialny za działania pozostałych, a także koordynację takich działań. W konsekwencji brak więzi organizacyjnych i finansowych między stronami wyklucza twierdzenie o realizacji wspólnego przedsięwzięcia.