W Polsce rozliczanie VAT importowego przez agencje celne w zasadzie się nie przyjęło, mimo że przepisy o VAT wydają się umożliwiać takie rozwiązanie. Podatnikami VAT są również osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, na których ciąży obowiązek uiszczenia cła. Obowiązek uiszczenia cła ciąży na dłużniku, czyli generalnie na zgłaszającym. W przypadku przedstawicielstwa pośredniego również na przedstawicielu (np. agencji celnej) ciąży obowiązek uiszczenia cła. Dlatego przedstawiciel pośredni może być uznawany za podatnika VAT z tytułu importu towarów.

Również przepisy dotyczące odliczenia podatku naliczonego zdają się umożliwiać odliczenie przez przedstawiciela pośredniego. Ustawa o VAT wskazuje, że w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi VAT przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Natomiast kwotę podatku naliczonego stanowi w przypadku importu towarów suma kwot podatku wynikająca z dokumentu celnego i deklaracji importowej.

Niewątpliwie prawo do odliczenia VAT z tytułu importu towarów oderwane jest od kwestii nabycia tego towaru, czyli odliczenia VAT może dokonać również importer, który nie dysponuje tym towarem jak właściciel. Natomiast agencja celna działająca jako przedstawiciel pośredni wykonuje usługi dające prawo do odliczenia VAT. Należałoby więc uznać, że agencja celna, będąc podatnikiem VAT z tytułu importu towarów, w ramach świadczenia usług powinna mieć prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z dokumentów celnych.