Otrzymanie całości lub części należności przed wydaniem towaru lub przed wykonaniem usługi (np. zaliczki) powoduje również powstanie obowiązku podatkowego w VAT z chwilą otrzymania płatności. Jeżeli przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi otrzymano tylko część należności, obowiązek podatkowy powstaje wyłącznie w zakresie płatności faktycznie otrzymanej. Kwota VAT zawiera się w kwocie otrzymanej płatności (jest wyliczana metodą „w stu”).

Płatność zaliczkową należy udokumentować fakturą VAT w terminie 7 dni od jej otrzymania (to samo dotyczy kolejnych płatności zaliczkowych, jeżeli zostały otrzymane przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi). Jeżeli faktury zaliczkowe nie pokrywają całości należności, po dokonaniu dostawy towaru lub wykonaniu usługi należy wystawić fakturę VAT potwierdzającą dokonanie tych czynności, zawierającą dodatkowo rozliczenie wcześniejszych zaliczek (faktury takiej nie wystawia się, jeśli faktury zaliczkowe obejmują całość należności).

Pomimo obowiązku udokumentowania płatności zaliczkowej fakturą, przepisy o VAT wiążą powstanie obowiązku podatkowego z chwilą otrzymania zaliczki, nie zaś wystawienia faktury dokumentującej tę zaliczkę.

Należy też pamiętać, że o otrzymaniu zaliczki powodującej obowiązek podatkowy w VAT można mówić wyłączenie, jeśli płatność jest dokonywana na poczet określonych (skonkretyzowanych) transakcji podlegających opodatkowaniu. Płatność na poczet nieokreślonych jeszcze, przyszłych dostaw towarów lub świadczenia usług nie powoduje w momencie jej otrzymania powstania obowiązku podatkowego w VAT (por. wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie C-419/02 BUPA Hospitals).