Kwestia uznawania za koszty podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC) opłacanego w związku z wnoszeniem dopłat do spółki z ograniczoną odpowiedzialnością jest przedmiotem sporów podatników z fiskusem. Tematyka kosztów przy dopłatach zbliżona jest swoim charakterem do tematyki uznawania za poniesione w celu uzyskania przychodów kosztów przy podwyższaniu kapitału zakładowego, np. przez emisję akcji bądź udziałów. Sądownictwo administracyjne jest podzielone i bierze zarówno stronę fiskusa, jak i podatnika. Podatnik uznając zapłacony PCC za koszt podatkowy, musi się liczyć z ewentualnym sporem z fiskusem, chyba że do tego czasu ukształtuje się jednolita praktyka sądów.

Na czym polega istota sporu? Podatnicy twierdzą, że wniesienie dopłat prowadzi pośrednio do zwiększenia przychodów bądź zabezpieczenia źródeł przychodów. Środki uzyskane z dopłat przeznaczane są na rozwój działalności gospodarczej w celu uzyskania przychodów. Tymczasem według fiskusa nie ma znaczenia cel wniesienia dopłat do spółki ani też pośredni związek tych wydatków z przychodami podatkowymi. Liczy się wyłącznie bezpośredni związek kosztów z przychodami niezaliczonymi w ustawie o CIT do przychodów podatkowych. Zatem przychód w postaci dopłat nie jest przychodem podatkowym, co w konsekwencji prowadzi do uznania, że wydatków z tym związanych, czyli zapłaconego podatku od czynności cywilnoprawnych, nie można zaliczyć do kosztów podatkowych. To stanowisko znalazło odbicie m.in. w interpretacji dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 10 czerwca 2010 r. nr ILPB3/423-265/10-2/KS.