Wątpliwości dotyczą tego, czy usługi takie powinny być opodatkowane zgodnie z zasadą ogólną, tj. w miejscu siedziby nabywcy – podatnika VAT, czy też według jednego z wyjątków, tj. tam, gdzie znajduje się nieruchomość – magazyn, w którym przechowywane są towary w ramach świadczonej usługi, zgodnie z art. 28e ustawy o VAT. Przepis ten stanowi, że miejscem świadczenia usług związanych z nieruchomościami, w tym usług świadczonych przez rzeczoznawców, pośredników w obrocie nieruchomościami, usług zakwaterowania w hotelach lub obiektach o podobnej funkcji (takich jak ośrodki wczasowe lub miejsca przeznaczone do użytku jako kempingi), użytkowania i używania nieruchomości oraz usługi przygotowywania i koordynowania prac budowlanych (takich jak usługi architektów i nadzoru budowlanego), jest miejsce położenia nieruchomości. Wymieniony katalog usług jest otwarty. Każda usługa, która dotyczy konkretnej nieruchomości, może być uznana za usługę związaną z nieruchomościami.

Usługi logistyczne tzw. magazynowe mają jednak charakter kompleksowy i obejmują zwykle takie elementy jak: przyjęcie towarów klienta do magazynu, przechowywanie i zarządzanie towarami poprzez profesjonalny system informatyczny, przygotowywanie raportów bieżących dla klientów, świadczenie dodatkowych usług magazynowych, inwentaryzację magazynowanych towarów, kontrolę jakościową towarów, przechowanie towarów w odpowiednich, wymaganych przez klienta, warunkach, stałą ochronę i monitoring magazynów. Trudno zatem podzielić pogląd, że są one usługami związanymi z nieruchomościami. Przedmiotem umów jest tu obsługa towarów składowanych w magazynach, którymi dysponuje firma, i aktywne zarządzanie towarami, nie zaś udzielanie klientom uprawnień do użytkowania nieruchomości w jakimkolwiek zakresie, np. w formie umowy najmu, dzierżawy czy leasingu. Argumentację tę podzielił WSA w Poznaniu w wyroku z 19 października 2010 r. (sygn. akt I SA/Po 572/10).