Czy organy podatkowe mogą odmówić spółce japońskiej zwrotu VAT, nie wskazując dokumentów potwierdzających brak stosunku wzajemności między Polską a Japonią?
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w orzeczeniu z 16 września 2010 r. (sygn. akt III SA/Wa 502/10) podkreślił, że w przypadku dokonywania zwrotów VAT podmiotom z państw trzecich kluczowe jest istnienie i właściwe dokumentowanie zasady wzajemności. Stan faktyczny przedstawiał się następująco: polskie organy podatkowe odmówiły spółce japońskiej zwrotu VAT. Decyzję uzasadniono brakiem stosunku wzajemności między Polską a Japonią. Organ nie powołał się jednak na żaden dokument stwierdzający ten brak. W wyniku odwołania organ II instancji utrzymał rozstrzygnięcie w mocy, powołując się na dokument z 2007 roku, niebędący jednak dokumentem źródłowym.
Zdaniem spółki nie istnieją przepisy prawne zawierające wyliczenie państw, dla których spełniona jest zasada wzajemności. W efekcie podmioty gospodarcze pochodzące z Japonii, mimo że zasada wzajemności jest w ich przypadku spełniona, nie są w stanie potwierdzić, czy przysługuje im zwrot podatku na zasadach przewidzianych przepisami omawianego rozporządzenia. Spółka złożyła skargę do WSA w Warszawie. Sąd decyzję uchylił.
Zdaniem WSA zwrot podatku w odniesieniu do podmiotów z terytorium państw trzecich (czyli państw spoza UE) przysługuje na zasadzie wzajemności. Jeżeli polskim podmiotom, które nie są zarejestrowane dla potrzeb podatku od towarów i usług na terytorium takiego państwa, przysługiwać będzie od tego państwa trzeciego zwrot podatku z tytułu nabycia tam towarów i usług, to w Polsce przysługiwać będzie, zgodnie z zasadą wzajemności, odpowiedni zwrot VAT podmiotom pochodzącym z tego państwa trzeciego. Zdaniem sądu dyrektor izby skarbowej nie mógł odmówić spółce japońskiej zwrotu podatku, nie wskazując żadnych źródłowych dokumentów potwierdzających brak stosunku wzajemności między Polską a Japonią. Nawet gdyby dokumenty, którymi dysponował organ podatkowy, okazały się potwierdzone, to pochodziły one z 2007 oraz 2009 roku i nie mogły zostać użyte jako dowód w sprawie.