Notariusz zaskarżył postanowienie dyrektora izby skarbowej, który odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC). Chodziło o PCC od podwyższenia kapitału zakładowego spółki z o.o., do którego doszło w 2007 r. Zgodnie z ustawą o PCC notariusz pobrał podatek w wysokości 0,5 proc. od różnicy między poprzednią a podwyższoną wartością kapitału zakładowego i przekazał fiskusowi ponad 500 tys. zł.

Potem jednak wystąpił z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty podatku, bo uznał, że był on nienależny. Podkreślił, że polskie przepisy o PCC, którymi się wówczas kierował, były niezgodne z prawem wspólnotowym, w szczególności z dyrektywą z 17 lipca 1969 r. nr 69/335/EW, dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitału. Notariusz przytoczył orzeczenia sądów oraz Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.

Organy podatkowe I i II instancji odmówiły wszczęcia postępowania, twierdząc, że płatnik nie ma uprawnień do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku, który zapłaciła spółka. Tego samego zdania był dyrektor izby skarbowej. Sprawa trafiła do sądu.

WSA w Szczecinie potwierdził, że notariusz jako płatnik w tej sprawie nie ma interesu prawnego, ponieważ nie poniósł ekonomicznego ciężaru podatku. Co więcej, z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wystąpiła już wcześniej spółka. Naczelnik urzędu skarbowego wszczął wobec niej postępowanie, ale nie przyznał jej racji.

Notariusz złożył skargę do NSA. Sąd kasacyjny utrzymał w mocy rozstrzygnięcie WSA, ale częściowo nie zgodził się z jego uzasadnieniem. Orzekł, że przepisy Ordynacji podatkowej dopuszczają możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty także przez płatnika, nawet gdy ewentualny uszczerbek majątkowy poniósł tylko podatnik. Według NSA organ mógł odmówić notariuszowi wszczęcia postępowania, ale jako podstawę prawną powinien wskazać wcześniejsze wydanie decyzji odmownej o stwierdzeniu nadpłaty wobec podatnika. Wyrok jest prawomocny.

Wyrok NSA z 2 października 2012 r. (II FSK 289/11).