Skarżący wykazał za grudzień 2011 r. nadwyżkę VAT i złożył wniosek o jej zwrot. Naczelnik urzędu skarbowego zamiast ją zwrócić, zaliczył nadwyżkę na poczet zaległości w podatku dochodowym, która powstała w 2004 r. W efekcie tej decyzji podatnik nie dostał zwrotu VAT za 2011 r. Problem polegał na tym, że do momentu wydania decyzji nie było pewności co do tego, czy zaległości w podatku dochodowym powstały. Podatnik twierdził, że organ podatkowy nie mógł zaliczyć zwrotu VAT na zaległości w podatku dochodowym, ponieważ nieostateczne decyzje podatkowe nie podlegają wykonaniu, chyba że nada się im rygor natychmiastowej wykonalności (rygor nie został nadany).

Ze stanowiskiem podatnika zgodził się sąd. Przypomniał, że zgodnie z art. 239a Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749 z późn. zm.) decyzja nieostateczna, nakładająca na stronę obowiązek podlegający wykonaniu w trybie postępowania egzekucyjnego w administracji, nie podlega wykonaniu, chyba że decyzji nadano rygor natychmiastowej wykonalności. Sąd orzekł więc, że zasada ta odnosi się do wszystkich sposobów realizacji obowiązków wynikających z wydanej decyzji nieostatecznej, a nie tylko tych wykonywanych w ramach egzekucji administracyjnej. Wyrok jest nieprawomocny.

Wyrok WSA w Gdańsku z 1 sierpnia 2012 r., sygn. akt I SA/Gd 667/12.