Dochody jednostek badawczo-rozwojowych należy opodatkowywać zgodnie z regułami określonymi w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych, a nie w ustawie dotyczącej zasady funkcjonowania takich podmiotów.

Sędzia Jan Rudowski podkreślił, że organ podatkowy nie może tak interpretować przepisów, aby znaleźć rozwiązanie, które jest niekorzystne dla podatnika. Spór dotyczył zakresu stosowania zwolnienia i interpretacji art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT. Na podstawie tego przepisu dochód, w części przeznaczonej na działalność statutową, jest wolny od podatku. Nie ma przy tym znaczenia, że dochód ten powstawał z działalności gospodarczej związanej z realizacją działalności statutowej oraz pozastatutowej.

Według organów podatkowych jednostki nie mogą skorzystać ze zwolnienia, gdyż na podstawie ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych zwolnieniu nie podlega dochód uzyskany z działalności gospodarczej, ale tylko z działalności statutowej. Wynika z tego, że jeśli jednostka osiągała stratę z działalności podstawowej, a cele statutowe finansowała z działalności komercyjnej polegającej na wynajmie lokali, to musi zapłacić podatek.

Z tym nie zgodził się sąd. Taka interpretacja dyskryminuje podmioty zajmujące się działalnością statutową. Generalnym kryterium zwolnienia jest bowiem nie źródło, ale cel przeznaczenia dochodu. Ustawa o CIT jako ustawa szczególna ma pierwszeństwo w wykładni i stosowaniu prawa.

Sprawa dotyczyła stanu sprzed 1 października 2010 r., od kiedy to jednostki badawczo-rozwojowe stały się instytutami badawczymi w rozumieniu ustawy z 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych.

Wyrok ma jednak znaczenie dla tych jednostek, które pozostają w sporze z organami podatkowymi na podstawie wcześniej wszczętych postępowań. Wyrok jest prawomocny.

ORZECZNICTWO

Wyrok NSA z 3 lutego 2012 r. sygn akt II FsK 1250/10