Sprawa, którą zajął się sąd, dotyczyła interpretacji podatkowej wydanej na wniosek niepublicznego zakładu opieki zdrowotnej (NZOZ).

Według zakładu może on być odrębnym podatnikiem VAT, ponieważ na mocy statutu nadanego przez organ założycielski, tj. spółkę jawną, jest wyodrębnioną jednostką organizacyjną niemającą osobowości prawnej. Takie jednostki, zgodnie z przepisami o VAT, mogą być odrębnymi podatnikami, a ponadto działalność gospodarcza zakładu obejmuje również czynności polegające na wykorzystaniu towarów lub wartości niematerialnych lub prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych. Tym samym spełnia warunki do bycia podatnikiem VAT.

Minister finansów uznał jednak, że NZOZ nie ma odrębnej osobowości prawnej, ponieważ nie został zarejestrowany w Krajowym Rejestrze Sądowym, tym samym taki zakład nie wykonuje samodzielnie działalności gospodarczej, a usługi medyczne świadczone przez niego, wykonywane są w ramach działalności spółki jawnej. Oznacza to, że na podstawie przepisów o VAT taki NZOZ nie posiada odrębnej podmiotowości podatkowej.

Wojewódzki sąd administracyjny, który rozpatrzył skargę NZOZ, uchylił tak wydaną interpretację i przyznał rację zakładowi.

Organ podatkowy złożył jednak skargę do NSA, który z kolei uchylił wyrok sądu pierwszej instancji i uznał interpretację ministra za prawidłową.

Sędzia Ryszard Pęk przypomniał, że podatnikami VAT są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą bez względu na cel lub rezultat takiej działalności. Według sądu NZOZ jest podmiotem wyodrębnionym, ale nie w pełni samodzielnym.

Wyrok jest prawomocny.

Wyrok NSA z 21 grudnia 2011 r., sygn. akt I FSK 256/11.