Spółka wskazała, że otrzymała dotację na sfinansowanie jej podstawowej działalności w zakresie poręczania kredytów dla małych i średnich przedsiębiorstw. Realizowała ona projekt w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw. Środki, jakie spółka otrzymała, były przeznaczone na poręczanie kredytów i zostały ulokowane na rachunkach bankowych (na bankowych lokatach terminowych).

Minister finansów uznał, że nie można zastosować w takim przypadku zwolnienia z art. 17 ust. pkt 23 i 24 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.), ponieważ przyjęta w funduszach strukturalnych zasada prefinansowania zakłada, że w początkowej fazie realizacji projektu związane z nim koszty pokrywa budżet państwa. Dopiero na etapie końcowym zwrot poniesionych nakładów następuje w ramach rozliczeń pomiędzy Polską a UE.

Pogląd ministra finansów w tym zakresie jest jednak nieprawidłowy. NSA zwracał na to uwagę już wielokrotnie. Zasada prefinansowania nie ma wpływu na zwolnienie, ponieważ pierwotnym źródłem środków jest budżet UE. Oznacza to, że odsetki od dochodów lub środków z dotacji UE lokowanych na bankowych rachunkach terminowych są zwolnione z podatku.

Sędzia Jan Rudowski podkreślił, że ani środki pieniężne pochodzące z funduszy unijnych nie stanowią dochodów budżetu państwa, ani też odsetki od tych środków przechowywane na rachunkach bankowych. Zasada ta dotyczy nie tylko okresu finansowania projektu, ale również okresu po jego zakończeniu. Wyrok jest prawomocny.

Wyrok NSA z 9 grudnia 2011 r., sygn. akt II FSK 1114/10).