Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną podatnika, który zarzucił organom podatkowym bezczynność w zakresie wniosku o nadpłatę. W ocenie sądu, jeśli podatnik wystąpił o stwierdzenie nadpłaty, ale organ ma wątpliwość, czy się ona należy, musi wszcząć postępowanie wymiarowe. Jak wyjaśnił sędzia Bogusław Dauter, w orzecznictwie istnieją wątpliwości, co zrobić, gdy podatnik składa wniosek o nadpłatę, a jednocześnie organ nie ma pewności co do zasadności takiego wniosku. Niemniej jednak uznaje się, że ewentualna zaległość stwierdzona w postępowaniu wymiarowym konsumuje niejako postępowania o stwierdzenie nadpłaty. W takiej sytuacji, choć organ podatkowy prowadzi dwa postępowania: o nadpłatę i wymiarowe, mają one ze sobą ścisły związek. Dlatego przy przedłużeniu terminu do załatwienia sprawy o zwrot nadpłaty organ musi brać pod uwagę okoliczności wynikające z postępowania wymiarowego. Tym samym nie można zarzucić, że organ podatkowy pozostaje w takiej sytuacji w bezczynności. Nie można postępowania o zwrot nadpłaty zainicjowanego przez podatnika oderwać od postępowania wymiarowego podjętego przez organ podatkowy.

Sprawa trafiła na wokandę sądu w związku z pismem podatnika o zaliczenie nadpłaty w PIT na poczet podatku za 2007 rok. Nadpłata była związana z korektą zeznania za poprzedni rok. Organ podatkowy przedłużył termin załatwienia wniosku ze względu na konieczność wyjaśnienia stanu faktycznego. Po kolejnym przedłużeniu terminu organ poinformował o wszczęciu postępowania wymiarowego. Podatnik ponaglał organy podatkowe, aż wreszcie zarzucił im bezczynność. Sąd I i II instancji nie przyznały mu racji. Wyrok jest prawomocny.

Sygn. akt II FSK 827/09