Podatnik pieczywo z własnej piekarni sprzedawał we własnych sklepach firmowych oraz innym odbiorcom. Organy podatkowe stwierdziły jednak, że zarówno sprzedaż pieczywa, jak i zakup mąki oraz oleju opałowego, wykorzystywanego do pieców piekarniczych ewidencjonowano nierzetelnie. Ich zdaniem podatnik nie wykazał do opodatkowania części obrotu ze sprzedaży pieczywa, w wyniku czego zaniżył należny VAT za poszczególne miesiące 2001 roku. W konsekwencji organy dokonały oszacowania.

W sprawie powołano biegłego, ale podatnik nie zgodził się z jego opinią. Zarzucił, że opinia została sporządzona na podstawie teoretycznych opracowań naukowych, a nie praktycznego doświadczenia. Zażądał więc dopuszczenia jako dowodu opinii sporządzonej przez instytut badawczy.

Organy podatkowe odmówiły, stwierdzając, że okoliczności, co do których miałby zostać przeprowadzony dowód, zostały już wyjaśnione. Podatnik nie zgodził się z ich interpretacją, a w skardze do sądu administracyjnego zarzucił przede wszystkim brak podstaw do szacowania wielkości sprzedaży.

Skarga została uwzględniona. Sąd zgodził się z organami podatkowymi, że całokształt okoliczności sprawy wskazuje na nierzetelność podatnika. Były więc podstawy do szacowania obrotu. Zwrócił jednak uwagę, że organy podatkowe muszą dążyć do tego, aby w wyniku oszacowania uzyskać obrót zbliżony do rzeczywistości. Powinny więc uzasadnić wybór przyjętej metody szacowania i wyjaśnić powody pominięcia metod wymienionych w Ordynacji podatkowej. Należało więc uzasadnić w decyzji, dlaczego nie mogła zostać przyjęta np. metoda porównawcza zewnętrzna, czyli porównanie wysokości obrotów w innych piekarniach prowadzących działalność o podobnym zakresie i w podobnych warunkach.

Sąd wskazał, że żądanie strony dotyczące przeprowadzenia dowodu należy uwzględnić, jeżeli przedmiotem dowodu są okoliczności mające znaczenie dla sprawy, chyba że okoliczności te stwierdzone są wystarczająco innym dowodem. Jeżeli zatem podatnik wnosił o dopuszczenie opinii instytutu badawczego, należało wziąć to pod uwagę. Nie można było twierdzić, że w sprawie nie ma żadnych wątpliwości.