Organy podatkowe zakwestionowały spółce z ograniczoną odpowiedzialnością zwrot VAT. W ich ocenie dokonane przez spółkę w listopadzie 2005 r. transakcje najpierw zakupu paliwa, a następnie jego sprzedaży nastawione były na obejście prawa podatkowego i uzyskanie zwrotu podatku. Nie było wydania paliwa nabywcy, a faktury sprzedaży potwierdzały czynności niedokonane.

Dyrektor izby skarbowej zawiesił postępowanie odwoławcze. Jako przyczynę zawieszenia wskazał konieczność rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez sąd cywilny. Zagadnieniem tym była wątpliwość co do istnienia łączącej obie firmy umowy sprzedaży wskazująca na jej pozorność. Zdaniem organu odwoławczego wątpliwości wynikające ze zgromadzonych dowodów, istniejące pomimo zebrania i rozpatrzenia całego materiału dowodowego, obligowały organ do wystąpienia do sądu powszechnego o ustalenie istnienia lub nieistnienia tego stosunku prawnego, a tym samym zawieszenia postępowania odwoławczego.

Natomiast zdaniem spółki ustalenie nieistnienia stosunku prawnego sprzedaży nie miało znaczenia dla rozstrzygnięcia przedmiotowej sprawy. Nie było też w jej ocenie zagadnieniem wstępnym. Na postanowienie spółka złożyła skargę do sądu administracyjnego, a sąd ją uwzględnił.

W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że w stanie prawnym obowiązującym od 1 września 2005 r. w Ordynacji podatkowej znajduje się przepis art. 199a zawierający określone dyrektywy postępowania organu podatkowego w zakresie ustalania treści czynności prawnych, skutków podatkowych w przypadku pozorności czynności prawnej oraz wystąpienia do sądu o ustalenie istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa.

Zdaniem WSA art. 199a par. 3 odnosi się wyłącznie do ustaleń przez sąd powszechny w zakresie prawa lub stosunku prawnego, nie dotyczy natomiast ustalenia stanu faktycznego lub faktów, w tym oświadczeń woli. Na gruncie przepisów ustawy o VAT istnienie lub nieistnienie stosunku prawnego lub prawa (umowy) między stronami nie ma decydującego znaczenia. Zarówno powstanie obowiązku podatkowego, jak i uprawnienia do odliczenia podatku naliczonego wiążą się z faktycznym zdarzeniem gospodarczym (wydaniem towaru, wykonaniem usługi) a nie istnieniem umowy. To, czy faktury wystawione przez podatnika potwierdzają podatkowo istotne zdarzenia jest kwestią ustaleń faktycznych, a nie prawnych.

Wymienione ustalenia pozwalały, w opinii sądu, określić charakter przedmiotowej czynności prawnej, bez konieczności występowania w tej kwestii do sądu.