Podpis elektroniczny z kwalifikowanym certyfikatem daje firmie większe bezpieczeństwo zachowania podpisywanych dokumentów niż e-podpis z certyfikatem niekwalifikowanym.
Podatnicy, płatnicy składek i firmy często zastanawiają się, jaka jest różnica między bezpiecznym podpisem elektronicznym z kwalifikowanym certyfikatem i e-podpisem niekwalifikowanym. Różnią się one nie tylko ceną za zestaw (za e-podpis z certyfikatem niekwalifikowanym również trzeba zapłacić, a różnica wynosi - w zależności od centrum kwalifikacji - kilkadziesiąt złotych), ale przede wszystkim ochroną dokumentów, które są podpisywane i przesyłane za ich pomocą. Dokumenty te to przede wszystkim e-faktury, e-deklaracje podatkowe oraz e-deklaracje ZUS. Nie ulega wątpliwości, że każdy przedsiębiorca chciałby zapewnić ochronę tym danym.
Zgodnie z przepisami ustawy o podpisie elektronicznym (Dz.U. z 2001 r. nr 130, poz. 1450 z późn. zm.) bezpieczny e-podpis z kwalifikowanym certyfikatem to podpis, który przede wszystkim jest równoznaczny z podpisem własnoręcznym. A zatem z prawnego punktu widzenia podpisanie tylko takim e-podpisem rodzi skutki prawne równoznaczne z podpisem własnoręcznym. A zatem nie można podpisać e-podpisem komercyjnym dokumentów takich jak deklaracje podatkowe, czy ZUS. Co więcej, jeśli podatnik będzie chciał podpisać e-deklarację podpisem komercyjnym, to nie będzie mógł wręcz tego zrobić, ponieważ system uzna to za błąd.
Kolejną konsekwencją uznania bezpiecznego e-podpisu z kwalifikowanym certyfikatem za podpis równorzędny z własnoręcznym jest to, że jest on przyporządkowany wyłącznie do osoby składającej ten podpis. A zatem tylko właściciel e-podpisu może podpisać dokumenty. Dla firm oznacza to tyle, że jeśli dwie osoby podpisują e-deklaracje, to obie muszą posiadać swój e-podpis.
Istotną informacją z punktu widzenia bezpieczeństwa dokumentów jest również fakt, że bezpieczny e-podpis jest powiązany z danymi, do których został dołączony w taki sposób, że jakiekolwiek zmiany danych podpisanych za pomocą takiego podpisu są rozpoznawalne.
Eksperci zwracają uwagę, że podpisanie e-podpisem dokumentów wywołuje także skutki procesowe.
Jerzy Pejaś z Wydziału Informatyki Politechniki Szczecińskiej, zwraca np. uwagę, że podpisane dokumenty elektroniczne muszą być przechowywane przez długie okresy. Chodzi np. o e-deklaracje. Zdaniem eksperta przedsiębiorcy łatwiej będzie udowodnić urzędowi skarbowemu, że we właściwy sposób odliczał sobie VAT w ciągu ostatnich np. trzech lat, skoro art. 6 ust. 2 ustawy o e-podpisie stanowi, że podpis jest nieważny po upływie terminu ważności certyfikatu lub od dnia jego unieważnienia oraz w okresie jego zawieszenia, chyba że zostanie udowodnione, że podpis został złożony przed upływem terminu ważności certyfikatu lub przed jego unieważnieniem albo zawieszeniem. Zdaniem Jerzego Pejasia taki dowód zostanie dopuszczony, gdy podpisem związanym z dokumentem jest kwalifikowany podpis elektroniczny. W przypadku podpisu niekwalifikowanego będzie to prawdopodobnie również możliwe, ale dużo trudniejsze.