Ustawa przewiduje m.in. wprowadzenie jednego okienka rozliczeniowego. Wyznaczony zostanie dyrektor tylko jednej izby celnej do rozliczania należności celnych, podatkowych i innych. Wpłaty będą dokonywane na konto jednej izby celnej, a nie na konto 16, jak obecnie.

Ustawa zakłada połączenie organizacyjne urzędów skarbowych i izb skarbowych. Organy te nadal pozostaną niezależne, choć z punktu widzenia zarządzania finansami i kadrami będą jedną jednostką organizacyjną zarządzaną z poziomu województwa, czyli izb skarbowych.

Zmiana pozwoli na konsolidację w izbach skarbowych tzw. procesów pomocniczych w administracji podatkowej. Dzięki temu część urzędników, którzy obecnie zajmują się biurokracją, będzie można przesunąć do podstawowych zadań administracji podatkowej: kontroli podatkowej, egzekucji należności podatkowych i obsługi podatnika.

Ustawa reguluje też kwestie wyliczania wysokości uposażenia chorobowego celników przebywających na zwolnieniu lekarskim. Po zmianach ma to być 80 proc. wynagrodzenia, a nie jak obecnie 100 proc. W określonych sytuacjach, wskazanych w ustawie, funkcjonariusz celny będzie miał prawo do uposażenia chorobowego w wysokości 100 proc. Według resortu finansów, który jest autorem ustawy, zmiana ta dostosowuje regulacje dot. celników do przepisów obowiązujących w innych służbach mundurowych.

Ponadto zgodnie z nowelizacją funkcjonariusze celni, pełniący służbę w oddziałach granicznych lub kierowani do takich oddziałów, będą mogli być poddawani badaniom psychofizycznym. Celnicy pełniący służbę w oddziałach granicznych oraz w komórkach zwalczania przestępczości będą mogli na służbie korzystać z prywatnych telefonów komórkowych tylko wtedy, gdy zostaną one wcześniej zgłoszone.

Celnicy uzyskają także prawo do prowadzenia na przejściach granicznych niektórych kontroli, obecnie leżących w gestii Inspekcji Weterynaryjnej, Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa oraz Inspekcji Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych.

Zgodnie ze znowelizowaną ustawą celnicy oraz osoby zatrudnione w Służbie Celnej będą składać informacje o pracy w administracji celnej małżonków, krewnych, osób prowadzących z nimi wspólne gospodarstwo domowe. Poszerzy się tym samym krąg osób (o osoby prowadzące wspólne gospodarstwo domowe) objętych zakazem pełnienia służby lub zatrudnienia w jednostce organizacyjnej Służby Celnej w przypadku powstania stosunku podległości służbowej.

W ustawie zawarty jest także zapis, który zwalnia z odpowiedzialności karnej funkcjonariusza za przestępstwo popełnione w wyniku wykonania polecenia służbowego. Według autorów ustawy ma to m.in. ochronić celników przed "zastraszaniem prawnym" przez właścicieli zajmowanych automatów do gier hazardowych.

Większość przepisów noweli wchodzi w życie 1 kwietnia 2015 r.