Podatnik nie musi rozliczać kosztu uzyskania przychodu tak jak w księgach rachunkowych. Wspólny dla obu systemów jest wyłącznie moment jego powstania – wynika z orzeczeń sądów administracyjnych.
Problem dotyczy kosztów pośrednich, czyli takich, których nie można bezpośrednio powiązać z określonymi przychodami. Zamęt interpretacyjny powstał wokół art. 15 ust. 4d i 4e ustawy o CIT. Pierwszy z nich nakazuje potrącać koszty pośrednie w dacie ich poniesienia. Drugi wyjaśnia, że za dzień poniesienia uważa się ten, „na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury (rachunku)”.
Spory między podatnikami a organami dotyczą tego, jak rozumieć słowo „ujęto” – czy chodzi tylko o moment powstania kosztu, czy również o sposób jego ewidencjonowania.
Przedsiębiorcom zależało na tym, żeby w rachunkowości uwzględniać koszty w czasie, a w podatkach odliczać je od przychodu jednorazowo. Uważali, że ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych na to pozwala. Ich zdaniem art. 15 ust. 4d i 4e określa wyłącznie moment powstania kosztu i nie mówi nic o sposobie jego rozliczania, a tym bardziej o konieczności pozostawania w zgodzie z zasadami przyjętymi na potrzeby rachunkowości. Uważali więc, że mogą potrącać koszt niezależnie na dwa sposoby – przy czym w podatkach muszą go rozliczyć zgodnie z ustawą o CIT. Mówi ona, że koszty pośrednie zalicza się do kosztów uzyskania przychodów jednorazowo – także wtedy, gdy dotyczą okresu przekraczającego rok podatkowy, o ile jednak można precyzyjnie określić, jaka ich część odnosi się do danego roku. Jeżeli nie jest to możliwe, to wówczas należy je rozliczyć proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczą. Powoływali się przy tym na brzmienie art. 15 ust. 4–4e ustawy.
Organy podatkowe nie zgadzały się ze stanowiskiem prezentowanym przez podatników. Interpretując przepisy ustawy o CIT, utożsamiały moment powstania kosztu ze sposobem jego rozliczania. Twierdziły więc, że jeżeli podatnik dla celów bilansowych rozlicza koszt w czasie, to tak samo musi ujmować go podatkowo.
Na wokandę sądów trafiły liczne spory. We wszystkich chodziło o to, by rozliczanie kosztu w czasie w księgach rachunkowych nie wykluczało możliwości jednorazowego potrącenia go dla celów podatkowych. I tak w sądzie znalazła się sprawa opłaty przyłączeniowej do sieci gazowej (sygn. akt II FSK 1685/12), opłaty wstępnej związanej z zawarciem umowy leasingu (sygn. akt I SA/Lu 3/14) czy wynagrodzenia wypłaconego na rzecz dotychczasowych najemców lokalu sklepowego w zamian za przeniesienie praw i obowiązków wynikających z najmu (sygn. akt II FSK 1091/10 NSA).
W wymienionych przypadkach sądy jednoznacznie opowiedziały się po stronie podatników i przyznały im prawo do różnego ujęcia kosztów w rachunkowości i w rozliczeniach podatkowych. Podkreśliły przy tym niezależność i rozdzielność przepisów podatkowych i rachunkowych. Ich zdaniem ustawodawca nie uzależnił metody podatkowego rozliczania kosztów od przyjętych przez podatnika reguł bilansowych. Sądy podkreśliły przy tym, że rozliczenie na cele podatkowe musi spełniać wyłącznie wymogi ustawy podatkowej.