Jednocześnie nowy przepis art. 29a ust. 6 pkt 1 (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) wskazuje wyraźnie, że podstawa opodatkowania powinna obejmować podatki (z wyjątkiem wspomnianego VAT), cła, opłaty i inne należności o podobnym charakterze. Przepis ten nie powinien budzić większych wątpliwości, gdyż podejście takie obowiązywało również na gruncie dotychczasowych przepisów.

Z kolei art. 29a ust. 6 pkt 2 ustawy o VAT wskazuje, że w podstawie opodatkowania należy uwzględnić koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy. Obecnie konieczność wliczania do podstawy opodatkowania dostawy towarów kosztów dodatkowych pobieranych przez dostawcę od nabywcy (np. kosztów transportu, ubezpieczenia, prowizji) dotyczy wyłącznie wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Tymczasem dyrektywa VAT w art. 78 nakłada ten obowiązek na wszelkie transakcje. Znowelizowane przepisy wyeliminują zatem tę niespójność.

Przepis ten oznacza, że koszty dodatkowe będą zawsze dzieliły los dostawy (świadczenia głównego), np. w zakresie stawki VAT czy momentu powstania obowiązku podatkowego. Co ciekawe, wielu podatników już obecnie korzysta z takiej możliwości, bazując bezpośrednio na przepisach dyrektywy VAT, np. w odniesieniu do kosztów transportu towarów, które są opodatkowane stawką obniżoną. Zamiast obciążać klienta kosztem VAT z tytułu transportu według 23-proc. stawki, uwzględniają oni te koszty niejako w cenie towaru (w podstawie opodatkowania) i stosują stawkę obniżoną. Dzisiaj takie podejście wymagałoby uzyskania interpretacji podatkowej, ale już po wejściu w życie nowych przepisów możliwość ta będzie wynikała wprost z ustawy o VAT.

Nie oznacza to oczywiście, że zawsze dodatkowe koszty powinny stanowić element podstawy opodatkowania świadczenia głównego. Najbardziej znaną sytuacją, której analizą zajmował się Trybunał Sprawiedliwości UE, jest refaktura kosztów ubezpieczenia samochodów. TSUE uznał, że w określonych przypadkach oba świadczenia (leasing i ubezpieczenie) stanowią odrębne usługi i mogą korzystać z zasad opodatkowania właściwych dla każdej z tych usług. Każdy taki przypadek należy analizować jednak odrębnie.

Sprzedaż wyrobów akcyzowych
W przypadku sprzedaży wyrobów akcyzowych, o ile wyroby te nie znajdują się w procedurze zawieszenia poboru akcyzy, w podstawie opodatkowania VAT należy uwzględnić kwotę należnej akcyzy. Jeśli są to towary importowane, do podstawy opodatkowania VAT należy doliczyć kwotę należności celnych. W przypadku towarów podlegającym należnościom celnym i akcyzie (np. w sytuacji importu wyrobów akcyzowych), do podstawy opodatkowania VAT należy wliczyć zarówno kwotę należnego cła, jak i podatku akcyzowego (patrz: obecnie obowiązujący art. 29 ust. 13 ustawy o VAT).

Magdalena Chmielewska-Cholewa, doradca podatkowy, menedżer, dział doradztwa podatkowego EY